Naruto est un garçon un peu spécial. Il est toujours tout seul et son caractère fougueux ne l'aide pas vraiment à se faire apprécier dans son village. Malgré cela, il garde au fond de lui une ambition: celle de devenir un maître Hokage, la plus haute distinction dans l'ordre des ninjas, et ainsi obtenir la reconnaissance de ses pairs.

Sasuke, Sakura et Naruto passent un test dont le but est de s'emparer de clochettes que détient le professeur Kakashi. Il leur fait bien réaliser leur infériorité et leur manque d'expérience et finit par leur annoncer qu'ils n'ont aucune chance de devenir ninjas...

En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des ninjas du village caché de Konoha, réussit avec brio le test de survie imposé par maître Kakashi. A présent, les trois jeunes gens forment une vraie équipe, mais ils ne sont encore que des ninjas de rang inférieur.

Sasuke s'effondre après avoir voulu protéger Naruto... !! Déclenché à la fois par la rage et la tristesse, un étrange bouleversement se produit en Naruto. Haku est alors subitement balayé par le point rageur de Naruto... !?

Un groupe d'aspirants ninjas venus d'un autre village sont venus à Konoha pour passer l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe". Kakashi propose à ses élèves de se présenter, eux aussi, à cet examen. Et c'est partagés entre l'excitation et l'appréhension, que Naruto, Sasuke et Sakura vont déposer leur formulaire de candidature. Qui sait ce que les épreuves leur réservent... ?

Après avoir passé la première épreuve de l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe", un examen écrit, naruto et ses camarades se rendent sur les lieux de la seconde épreuve : "la forêt de la mort". Ainsi commence une lutte sans merci afin de s'emparer du rouleau que possède chacune des équipes concurrentes...

Sakura reste seule pour luttre contre les ninjas d'Oto no Kuni. Elle décide alors de riposter avec toute la fureur du désespoir... Mais quelle est donc cette marque qu'Orochimaru a apposé sur Sasuke? Quel effet va-t-elle produire lorsque celui-ci se réveillera?

Naruto, Sasuke et Sakura ont brillamment passé la deuxième épreuve et s'apprêtent maintenant à entamer la troisième. Mais avant cela, il y aura une pré-sélection ! Kabuto vient de déclarer forfait... 20 candidats, parmi les plus doués, vont s'affronter dans une série de duels au sommet !!

Les sélections pour la troisième épreuve de l'examen se poursuivent. Les vingt meilleurs prétendants s'affrontent dans un tournoi endiablé! Sasuke, Shino et Kankurô sont qualifiés et le duel opposant Ino à Sakura est à son paroxysme! À quand le tour de Naruto?! Une bataille terrifiante se prépare...

La phase qualificative pour la troisième épreuve atteint l'apothéose avec le combat entre Lee et Gaara. Face à un redoutable adversaire qui peut commander au sable contenu dans sa jarre, Lee n'a pour seul atout que son Taijutsu, qu'il a cependant pu élever à un niveau sur-humain. Pourra-t-il inquiéter Gaara?!

Avant la tenue de la troisième épreuve, Naruto commence son entraînement sous la tutelle du mystérieux ermite des crapauds. Dosu, qui a provoqué Gaara en duel, est terrassé en un instant sous les yeux de Kabuto et de... Baki, le ninja de rang supérieur du pays du sable !! Quel effroyable complot fomentent-ils ?!

L'épreuve principale de l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe" est sur le point de débuter. Neji et Naruto ouvrent les hostilités. "La fine fleur de Konoha contre le cancre" ?! Naruto se rue à l'assaut de son adversaire, "le prodige à la marque maudite". C'est maintenant que tout se décide !!

Il est de retour!! Sasuke réapparaît dans l'arène. Il affronte Gaara au cours d'un combat qui ne peut pas être comme les autres. La vitesse fulgurante de Sasuke lui permettra-t-elle d'échapper à la folie meurtrière de son adversaire?

Hokage le troisième affronte Orochimaru dans une sphère magique qui les isole du reste du monde. Le malfaisant conspirateur n'hésite pas à employer un sort secret de nécromancie pour tenter de venir à bout du vieux combattant! Alors que Naruto et ses compagnons sont à la poursuite de Sasuke et de Gaara, ils sont, à leur tour, pris en chasse par les assassins d'Orochimaru!!

Gaara se transforme en une hideuse créature sous les yeux de Sasuke, qui l'affronte avec détermination et emploie la technique secrète des "mille oiseaux"! Mais, tout à coup, voilà que Sasuke s'écroule, terrassé par le pouvoir de la marque maudite!! Naruto et ses compagnons arrivent enfin pour le tirer de ce mauvais pas tandis que Gaara n'en finit plus de se métamorphoser!!

Pour sauver ceux qu'il aime, Naruto, en très mauvaise posture, porte une attaque dévastatrice à Gaara!! Après avoir atteint des sommets de violence, le combat à mort entre Orochimaru et Hokage arrive à son dénouement !! Alors que l'assaut sur Konoha se termine, deux sinistres personnages s'approchent du village de nos compagnons...

Parti en voyage avec Jiraya pour poursuivre son entraînement, Naruto est approché par deux renégats malveillants. Quel est donc le but d'Itachi, frère de Sasuke, et de Kisame Hoshigaki?! Ils tentent d'enlever un Naruto pétrifié, mais Sasuke s'interpose! Un tome riche en rebondissements!

Les édifices de Tanzaku tremblent !! Tsunade devient d'emblée très agressive lorsque Orochimaru apparaît devant elle ! Son ancien camarade lui propose un pacte maléfique, afin qu'elle lui rende l'usage de ses bras. C'est une Tsunade en proie à la confusion que Jiraya et Naruto vont trouver !! Quel sera le choix de Tsunade ?

"C'est l'unique souvenir qui ne veut pas mourir..." finit par se dire la Kunoichi de légende... Grâce à Naruto, Tsunade parvient à se débarrasser de ses hésitations! Voici venir Jiraya, Naruto et Shizune en renfort dans la lutte contre Orochimaru et Kabuto. Un affrontement sans précédent va commencer!!

Alors que l'on prépare la célébration de l'avènement du 5e Hokage, Tsunade, elle, retrouve Konoha, son village. Ses techniques de guérison employées sur Sasuke ne tardent pas faire reculer le mal. Mais stupeur! À peine remis, celui-ci provoque Naruto en combat singulier!! Les deux ninjas vont-ils réellement s'affronter ?