Pain et Konan, membres d'Akatsuki, se lancent sur la piste de Jiraya qui s'est infiltré dans le village caché de la Pluie ! On apprend alors que le mystérieux Pain est en fait une vieille connaissance de Jiraya ! Mais quel est donc le lien qui le rattache au vieux ninja de Konoha ? Et de quels effroyables pouvoirs ce dieu autoproclamé est-il doté ?

Le combat entre Jiraya et Pain se poursuit. Jiraya est sur le point de découvrir la véritable identité de son terrible adversaire qui, selon la prophétie, serait l'un de ses disciples. Mais lequel ? Nagato ? Yahiko ? Dans le même temps, Sasuke a enfin retrouvé Itachi. Une lutte fratricide et titanesque va s'engager...

Sasuke a provoqué la « Lumière Céleste » d'Itachi afin de déclencher une technique imparable ! Sous un ciel couvert de nuages, Sasuke lance son attaque ! Viendra-t-elle à bout de son frère ?! Trop longtemps retardés par Akatsuki, Naruto et ses compagnons sont résolus à se débarrasser de Tobi dans un ultime défi.

Un Ermite crapaud porte à Konoha un message codé de Jiraya annonçant qu'il est tombé au combat. Naruto semble ne pas pouvoir accepter la mort du Maître. Pourtant, de nombreux défis attendent encore notre jeune héros et non des moindres !

Ses compagnons étant balayés par un immense Chakra, comment Sasuke, acculé, réagira-t-il ? Tandis que Naruto s'applique de toutes ses forces à maîtriser l'art des ermites sur le Mont Myôboku, Konoha fait face à la plus grande menace de son histoire !

Les Pain sont au village à la recherche de Naruto. Les shinobis de Konoha ont bien du mal à faire face. Kakashi devra livrer un combat sans merci contre eux afin de défendre le village !

Naruto contre-attaque en mode ermite avec rage et détermination, et l'ennemi semble plier sous ses coups. Mais la puissance de Pain paraît infinie... Pour briser les chaînes de la haine, Pain veut imposer au monde sa propre justice ! Quelle sera la réponse de Naruto ?

Après un combat acharné, Naruto arrive à terrasser les Pain. Mais il reste l'original, celui qui menace le village et veut détruire le système des shinobis... Naruto décide d'aller l'affronter seul ! Sortira-t-il vainqueur de ce dernier combat ?

Pour mettre un terme aux activités d'Akatsuki, la terrible organisation secrète, le Raikage convoque l'assemblée des Cinq Kage. Les uns après les autres, les grands chefs des confréries ninjas arrivent au pays du Fer pour entamer des pourparlers. Pour briser la chaîne de la haine, Naruto décide d'aller demander la grâce de Sasuke au Maître de Kumo... car le tout-puissant Raikage a décidé de faire exécuter Sasuke !

Sasuke lance un assaut sur le Conseil. Le palais du pays du Fer devient alors le théâtre d'un terrible affrontement entre les Kage et le renégat, qui projette sa Lumière Céleste et active Susanô, le 3e Pouvoir ! Mais la puissance unifiée des Maîtres shinobis est immense, et bien vite, le jeune Uchiwa se trouve en mauvaise posture. C'est alors qu'apparaît Madara Uchiwa, qui va révéler devant une assemblée médusée ses terribles desseins !

C'est à un Naruto encore troublé par la déclaration d'amour de Sakura si soudaine que Saï apprend la vérité et le projet de leurs camarades de Konoha : ils sont résolus à éliminer Sasuke ! Ensuite notre héros reçoit un nouveau choc en apprenant de la bouche de Gaara l'issue du Conseil des cinq Kage... De son côté, Madara livre Danzô sur un plateau au jeune Uchiwa : le deuxième acte de sa terrible vengeance va débuter !

Tristes retrouvailles pour l'équipe 7 ! Obsédé par sa vengeance, Sasuke est méconnaissable tant son visage est déformé par la haine. Sourd aux appels désespérés de Sakura et de Kakashi, il s'apprête à tuer son ancienne coéquipière. Il faudra l'intervention miraculeuse de Naruto pour la sauver !!

Pour prendre le contrôle de Kyûbi, Naruto commence un entraînement sur une île déserte appartenant à Kumo. Il emprunte le pouvoir de Bee et rompt le Maître-sceau. Très vite, notre héros est bousculé par l'esprit malveillant du Démon-Renard. Mais, au fin fond de cette conscience, il va faire une rencontre étonnante...

Fort de l'amour que lui ont transmis ses parents, Naruto franchit un nouveau cap sur la voie du ninja : il peut désormais contrôler le pouvoir du Démon-Renard qui sommeille en lui. C'est ainsi qu'il détecte la présence de Kisame, qui s'était habilement caché dans le sabre « Peau de Requin ». L'espion d'Akatsuki tente alors la fuite. Si son rapport parvient à ses chefs, c'est toute la stratégie de la coalition qui sera mise en péril. Mais voilà que l'Ombrageuse Panthère de Jade se dresse sur le chemin du terrible squale pour la troisième fois !

La quatrième Grande Guerre ninja est sur le point de commencer ! L'armée coalisée de shinobis forme ses unités afin de faire face à Akatsuki. Gaara, qui compte bien protéger Naruto, prononce un discours enflammé afin d'encourager et de motiver les troupes !! De son côté, Kabuto s'allie avec Madara et utilise la Réincarnation des Âmes pour ramener à la vie de puissants ninjas !!

La guerre a commencé, et le conflit prend des proportions de plus en plus importantes ! L'armée coalisée de shinobis doit faire face à de puissants ninjas d'élite qui ont été ramenés à la vie. Le 1er bataillon, déployé en première ligne et mené par le commandant Darui, se retrouve nez à nez avec les frères Kinkaku et Ginkaku, deux ninjas légendaires du village caché des Nuages, qui manient des armes redoutables et possèdent du chakra de Kyûbi ! Quelle sera l'issue du combat...?!

L'heure du combat est proche ! Naruto apprend qu'il est l'enjeu de la guerre déclenchée par Madara. Iruka essaie de le retenir, mais Naruto, persuadé qu'il doit lui-même mettre un terme au conflit, se met en route pour le front ! En première ligne, où de violents affrontements continuent à faire rage, la nuit tombe, et les combats se poursuivent au milieu des ténèbres dans lesquelles se fondent les shinobis ennemis...!!

Afin d'attirer Naruto sur le front, Madara utilise les Zetsu Blancs pour jeter la confusion dans les premières lignes des différents champs de bataille. Naruto, capable de détecter les ennemis, fait le tour de tous les fronts pour venir en aide à ses amis ! Pendant ce temps, Gaara et Onoki doivent affronter les anciens Kage...!!

L'ancien Mizukage ramené à la vie par Akatsuki parvient à percer la défense de Gaara, réputée pourtant "impénétrable". Le Kazekage réplique par une attaque combinée avec Onoki, mais il est poussé dans ses retranchements par le Ninjutsu de son adversaire. Comment va-t-il se sortir de cette impasse ? Alors que ses clones déferlent sur toutes les lignes du front, Naruto est, quant à lui, attaqué par Madara !!

Naruto et Bee ont toutes les peines du monde face aux six Bijûs que déploie Madara. Ils sont rejoints par Kakashi et Gaï, mais voici que Yonbi engloutit Naruto ! Dans les entrailles du Démon à Queues, Naruto se retrouve nez à nez avec un gorille nommé Son Gokû ?! Sasuke, de son côté, passe enfin à l'action !!