Rakuzan et Shûtoku, menées par deux membres de la G.M., se livrent un combat sans merci ! Midorima et ses équipiers se donnent à fond pour remonter au score, mais c'est compter sans Akashi et ses Yeux de l'Empereur pour rétablir la hiérarchie. Le premier match des demi-finales de la Winter Cup touche à sa fin. De l'autre côté du classement, Seirin va bientôt jouer contre Kaijô ! Kuroko et ses amis parviendront-ils à faire face à Kise et sa fameuse technique de la "Copie Parfaite" ?

Seirin et Kaijô s'affrontent afin de décrocher leur place pour la finale de la Winter Cup ! Alors que leurs as respectifs se livrent un combat féroce, Kise commence à souffrir à la jambe et se voit contraint de rejoindre le banc. Privé de son champion, l'équipe semble traverser un passage à vide. Mais loin de se laisser décourager, voilà que leur capitaine découvre le moyen de contrer le shoot fantôme de Kuroko ! Rien n'est encore joué dans ce match aux mille rebondissements !

Kise, devenu inarrêtable grâce à sa « copie parfaite », enchaîne les paniers et ne trouve aucun adversaire à sa mesure... sauf peut-être Kuroko. En effet, avec le soutien de ses camarades, le joueur fantôme décide d'observer et d'analyser le jeu de Kise dans le but d'anticiper ses actions. Mais le temps presse, les deux équipes sont maintenant au coude à coude et la tension sur le terrain est à son comble. À une poignée de secondes de la fin, Seirin et Kaijô se lancent alors dans une ultime offensive qui désignera le vainqueur de ce match haletant !

Pour les préparer au mieux à leur imminent affrontement contre Rakuzan en finale de la Winter Cup, Kuroko confie à ses coéquipiers son passé au sein du club de basket du collège Teikô. De ses entraînements à ses débuts de joueur titulaire en passant par ses amitiés, le sixième homme de légende lève le voile sur ses relations d'alors avec les membres de la Génération Miracle, mais aussi sur la part d'ombre qui se développait en chacun d'eux...

Alors qu'une année s'est écoulée depuis l'intégration de Kuroko dans l'équipe de Teikô, les joueurs de la G.M. remportent pour la deuxième année consécutive l'Intercollèges. Mais après le départ de l'entraîneur, le bel esprit d'équipe qui régnait entre eux vole en éclat. En effet, après Aomine, c'est au tour de Murasakibara puis d'Akashi de voir leur talent exploser et de changer brusquement de comportement... Le récit des années Teikô touche à sa fin, dévoilant les directions différentes adoptées par chacun des cinq génies du basket...

Le chapitre des années Teikô est désormais clos. En écoutant avec intérêt l'histoire de la Génération Miracle, les joueurs de Seirin en ont surtout beaucoup appris sur leur camarade de l'ombre. Plus soudée que jamais, c'est une équipe remontée à bloc qui part affronter Rakuzan. Le coup d'envoi de la finale de la Winter Cup est donné, mais à une marche de la consécration, une menace plane. En effet, les révélations sur la double personnalité d'Akashi ont soulevé une inconnue capable de ruiner leur rêve de devenir les n°1 du Japon.

Premier quart-temps de la phase finale de la Winter Cup. Kuroko, ayant perdu sa fameuse transparence , rejoint le banc de touche, laissant ses équipiers tenir tête à leur adversaire. Malheureusement pour Seirin, Rakuzan décide de passer à la vitesse supérieure grâce aux interventions de Chihiro Mayuzumi. En plus de maîtriser ses fondamentaux, ce joueur formé par Akashi en personne possède les mêmes qualités que Kuroko. Un 6e joueur fantôme d'un nouveau genre sort de l'ombre...

3e quart-temps de la finale. Avec 25 points d'avance, les Empereurs de Rakuzan règnent en maîtres sur le terrain. Mais même pris à la gorge, Seirin refuse de baisser les bras. Malheureusement, l'étau se resserre et la stratégie d'Akashi ne leur laisse plus qu'un faible souffle d'espoir en la personne de Kagami. Même Hyûga, acculé, a été contraint de quitter le terrain. Alors que le poids de la fatalité s'abat sur eux, la voix déterminée de Kuroko se fait soudainement entendre. Même sans sa fameuse transparence naturelle, le 6e joueur fantôme n'a pas encore dit son dernier mot !

Bientôt le dernier quart-temps. Kagami, chargé de la défense, permet à ses équipiers de résister au mieux face aux attaques adverses tandis que les actions brillantes d'Izuki portent leurs fruits. Toutefois, l'écart de score reste important. Seirin et Rakuzan ne lâchent rien et se rendent coup pour coup. C'est alors que Hyûga, pensant avoir trouvé le moyen de contrer Mibuchi, revient dans la partie...

Ultimes minutes avant le coup de sifflet final. Grâce à sa version pirate des yeux de l'empereur, Kuroko déstabilise Akashi et offre un nouveau souffle à son équipe ! Malgré la fatigue, Seirin profite du choc infligé à l'adversaire pour remonter au score. Mais alors qu'elle se rapproche de l'égalisation, Akashi, confronté pour la première fois à l'échec, renaît de ses cendres. Kuroko, Kagami et leurs amis pourront-ils arracher la victoire à Rakuzan et remporter la Winter Cup ?!