C'est la rentrée au club de basket-ball du lycée Seirin et cette année, deux rookies se démarquent... D'un côté, le volcanique Taiga Kagami, fraîchement revenu des États-Unis où il a fait ses armes sous les arceaux. De l'autre, le chétif et très effacé Tetsuya Kuroko dont on murmure qu'il aurait fait partie de l'équipe de basket du collège Teikô, la légendaire Génération Miracle ! Et si ces deux joueurs que tout oppose étaient amenés à se compléter à merveille sur le terrain ?

Kuroko et Kagami étant parvenus à enrayer le jeu du prodige Kise, les équipes de Seirin et de Kaijô se retrouvent au coude à coude. Mais suite à un choc avec son incroyable adversaire, le frêle meneur de Seirin est contraint de quitter le terrain... Privé d'un de ses piliers, le cinq majeur de la jeune coach Aida a-t-il la moindre chance face à un ex membre de la Génération Miracle ?

La coach Aida et ses joueurs restent sans voix devant l'écrasante performance du Lycée Shûtoku, assurée notamment par Midorima et son taux insolent de 100% de réussite aux shoots. Mais avant d'espérer les défier, Seirin devra défaire Seihô, un autre Seigneur de Tokyo, qui leur barre la route de la finale des éliminatoires. Battu à plate couture l'année passée, le nouveau 5 majeurs emmené par Kuroko et Kagami n'est pas disposé à laisser l'humiliation se répéter.

C'est la dernière ligne droite avant les playoffs pour les équipes de Shûtoku et Seirin ! Dès le premier quart-temps, les deux finalistes se rendent panier pour panier, mais le match bascule très vite lorsque Takao, talentueux rookie de Shûtoku, parvient à court-circuiter le jeu fantomatique de Kuroko. Plus rien ne semble alors pouvoir empêcher la terrible machine à 3 points incarnée par Midorima de se mettre en marche...

Le tournoi acharné du bloc A opposant l'outsider Seirin au Roi de Tokyo, Shûtoku, s'achève en apothéose dans une dernière action aussi technique qu'inspirée ! L'équipe gagnante accèdera aux playoffs où l'attendront trois autres formations au niveau toujours plus relevé. Parmi elles : celle de Tôô Gakuen, menée par Daiki Aomine, joueur au style et au tempérament semblables à ceux de Kagami, avec lequel Kuroko jouait en combinaison au sein de la Génération Miracle.

Pour sa première participation aux playoffs, Seirin affronte Tôô Gakuen en guise de baptême du feu. À travers leurs joueurs respectifs, c'est une véritable joute stratégique que se livrent Aida et Momoi, les deux coachs. Et alors que la partie s'annonce déjà rude pour Seirin, l'arrogant Aomine entre sur le parquet et impose un jeu stratosphérique qui éclipse autant ses adversaires que ses coéquipiers...

Seirin peine à se remettre de son élimination des playoffs. Mais, dans la vie comme au sport, il faut savoir se relever plus fort après chaque chute. Tel est le credo de Teppei Kiyoshi, fondateur et ancien pivot du club de basket de Seirin, qui est de retour pour donner un coup de fouet à ses cadets ! Sous son impulsion, tous entament leur stage de préparation en vue de la Winter Cup avec une vibrante motivation. Tous... sauf Kuroko, qui se met à douter de son style de jeu si atypique.

Après bien des doutes, le premier stage de préparation en vue de la Winter Cup permet finalement à Kagami et Kuroko de chacun se trouver un nouveau style de jeu... Alors que Seirin se relève petit à petit de sa défaite, pour les équipes qui ont passé les playoffs, la compétition continue ! Ainsi, le prestigieux interlycées s'ouvre sur le choc de deux titans : Tôô Gakuen contre Kaijô... Ou plutôt : Aomine, le player ultime, contre Kise, le prodige du mimétisme.

Le match décisif de l'interlycées opposant Tôô Gakuen à Kaijô entre dans son ultime quart-temps ! À une faute de l'exclusion et confronté à lui-même à travers Kise, Aomine peine à creuser l'écart en faveur de son équipe. Pourtant, ce génie hargneux compte bien prouver que la victoire se remporte en la jouant perso, sous les yeux de Seirin et de l'imposant pivot de la G.M., Atsushi Murasakibara. Suite à ce quart de finale de folie, Kuroko et Kagami seront plus que jamais déterminés à s'améliorer, dans la rue cette fois, lors d'un tournoi de street basket !

Enfin débute la Winter Cup qui réunit la crème des clubs de basket du Japon ! Si les finalistes de l'Interlycées, Tôô Gakuen et Rakuzan, sont qualifiés d'office, une équipe comme Seirin doit encore décrocher sa place dans une poule de quatre formations redoutables. Un match à élimination directe les oppose d'abord à Jôsei, classé 6e à l'Interlycées. Mais parmi tous ces joueurs exceptionnels qui sortent de l'ombre, le duo Kuroko/Kagami entrevoit la possibilité d'une revanche contre le meilleur shooter de la G.M., un myope superstitieux qu'ils connaissent bien...

Avec le match retour entre Seirin et Shûtoku, l'épreuve éliminatoire de la Winter Cup prend des allures de finale de tournoi ! Déterminé à prendre sa revanche, Midorima ne se ménage pas et ses paniers à 3 points entraînent Seirin dans un match très serré. Mais dans l'équation de l'ancien joueur de la G.M., deux inconnues vont lui poser problème : la redoutable technique de dribble mise au point par Kuroko et le pivot incontournable qu'est Kiyoshi...

Dès le premier coup de sifflet, la confrontation pour l'ultime ticket d'entrée pour la Winter Cup vire au règlement de compte. D'un côté, Seirin brûle de venger à la loyale Kiyoshi qui, victime du jeu vicieux de l'équipe adverse, a écopé d'une grave blessure au genou, l'an passé. En face, l'ignoble Kirisaki Daiichi, bien décidé à miser de nouveau sur la stratégie du coup bas. Mais c'est compter sans Kiyoshi et sa détermination à protéger sa team !

Leur participation à la Winter Cup assurée, les joueurs de Seirin s'octroient une pause bien méritée dans une station thermale. Mais sur place, ils vont de surprise en surprise : en plus de se retrouver nez à nez avec Aomine et ses équipiers, ils découvrent que Tôô Gakuen sera leur premier adversaire cet hiver. Finie la détente, un entraînement spécial s'impose s'ils veulent passer le premier tour ! Et pour ce faire, Riko connaît l'homme de la situation...

Grâce à son entraînement spécial, Seirin parvient à tenir tête à son premier adversaire de la compétition, Tôô Gakuen. Alors que Hyûga répond aux provocations de Sakurai à coup de spectaculaires shoots à 3 points, Kuroko, armé de son dribble invisible et de sa passe en vortex, affronte Aomine. Malheureusement, à force de trop recourir à ses petits tours d'illusionniste, le joueur de l'ombre se rend vulnérable face à son ancien binôme qui le connaît par coeur et qui pourrait très bien parvenir à déjouer ses techniques...

Entre Kuroko, qui subit le marquage serré de Imayoshi et Kagami, qui voit les fruits de son entraînement muselés par Aomine et son jeu démentiel, Seirin semble condamné. L'écart commence à se creuser dangereusement face à Tôô Gakuen. Mais l'état de santé de Kiyoshi exalte la motivation des joueurs, qui redoublent d'ardeur sur le terrain. Si la team veut réaliser cette année son rêve de devenir n°1 du Japon, Kuroko va devoir recourir à sa nouvelle arme, dérivée de sa technique d'illusionniste : le misdirection overflow ...

Difficile de déterminer qui de Seirin ou de Tôô Gakuen sortira vainqueur de cet incroyable rencontre de la Winter Cup. Affichant un score au coude à coude, aucune des deux équipes ne parvient à prendre l'avantage. Alors que Kagami et Aomine, tous deux dans la zone , se livrent un duel sans merci et multiplient les enchaînements démentiels, leurs coéquipiers font leur possible pour soutenir leur as. Jamais dernières minutes de match ne furent aussi intenses et incertaines !!

Pas de répit pour les joueurs de Seirin ! À peine ont-ils arraché la victoire à Tôô Gakuen qu'ils se retrouvent face à une équipe encore plus redoutable. Dès le coup d'envoi du match lancé, le terrible cinq majeur de Yôsen donne le ton. Doté d'un véritable mastodonte en la personne de Murasakibara, l'adversaire du jour dresse un mur infranchissable bloquant toute tentative offensive. Kuroko et ses amis parviendront-ils à briser le fameux Bouclier de Zeus ?

Kagami explose de combativité face à son ancien camarade. Le Bouclier de Zeus, la défense de Yôsen, désormais transpercée, Seirin commence à réduire l'écart de points. Malgré l'état de fatigue avancée de leur nouveau meneur, Kiyoshi, les joueurs font une belle démonstration de leur esprit d'équipe à leur adversaire du jour. Malheureusement pour eux, leur fougue réveillera la fureur d'un démoniaque géant du basket en la personne de Murasakibara...

Malgré la mauvaise posture dans laquelle se trouve Seirin face à Yôsen, les joueurs ne baissent pas les bras et continuent leur stratégie défensive. Alors que Kagami avait perdu tout espoir d'entrer dans la zone , une seule pique de Kise suffit à produire un déclic et à l'y projeter. Le voilà désormais en mesure de stopper aussi bien le "shoot mirage" de Himuro que les dunks du géant de la G.M. ! Mais Himuro parvient à son tour à convaincre Murasakibara de libérer son potentiel... Le quart de finale entre Seirin et Yôsen va bientôt connaître son vainqueur !

Kise et ses coéquipiers sont en mauvaise posture dans le match qui les oppose au lycée Fukuda Sôgô. En effet, le redoutable Haizaki, ancien membre de la Génération Miracle, déploie sa vengeance en pillant les techniques de ses adversaires. Convaincu que, comme par le passé, le jeune prodige de Kaijô ne parviendra jamais à le battre, il ne doute pas un seul instant que ce dernier a gardé un puissant atout en réserve. Seirin connaîtra bientôt son futur adversaire pour les demi-finales de cette Winter Cup !