Orphelin et adolescent solitaire, Natsume voit des yôkai - êtres surnaturels japonais - depuis son plus jeune âge. Son existence, peu ordinaire, bascule lorsque les yôkai se mettent à le traquer sans relâche et qu'il hérite d'un étrange carnet lui permettant, non seulement, de commander aux êtres surnaturels, mais aussi d'avoir droit de vie et de mort sur eux. De quoi susciter bien des convoitises...

Natsume participe à un test de courage, mais les choses se gâtent très vite lorsqu'un fantôme se mêle aux événements. Natsume est d'abord marqué par un monstre, ce qui le transforme en proie et ne lui laisse que cinq jours avant que le monstre le dévore. Puis, il se fait posséder par un yôkai... Depuis qu'il a hérité du carnet de sa grand-mère, les mésaventures s'accumulent de plus belle pour Natsume !"

Natsume a le chic pour s'attirer des ennuis ! Les yôkai viennent ainsi l'importuner jusque chez lui : un sosie de Maître Griffou s'introduit dans sa chambre et lui vole le carnet d'amis sous ses yeux ; une yôkai luciole s'invite chez lui et trouble son sommeil ; un puissant monstre transforme sa chambre en terrain de chasse ; et un bébé dragon trouve refuge dans son lit !

Natsume n'en finit pas de se débattre avec ce maudit carnet. Tous les yôkai n'aiment pas savoir leur nom dans les mains d'un gamin et n'ont de cesse de le poursuivre ! Entre les missions imposées par les démons et la chasse aux mauvais esprits, Natsume doit aussi penser à ne pas passer pour un fou auprès de sa famille qui, elle, ne voit pas les yôkai. Tant de choses pour notre héros !

Tôru est une adolescente solitaire qui voit les yôkai. Ses ancêtres s'adonnaient aux sciences occultes et lui laissèrent un cercle qui rend visibles tous les yôkai qui le foulent. Un jour, un yôkai le franchit et lui lance une malédiction : si dans les trois cent soixante prochains jours, elle ne l'a pas retrouvé, il la dévorera... ainsi que les treize dernières personnes dont elle a prononcé le nom !

Un jour, alors qu'il explore une maison en ruines, Natsume découvre un petit garçon enfermé dans une malle. Lorsque ce dernier, prénommé Kai, lui raconte être poursuivi par un yôkai, Nastume décide de prendre le petit garçon sous sa protection. Mais alors que Natsume retrouve le poursuivant de Kai et qu'il le met hors d'état de nuire, un second poursuivant fait son apparition... A force de sympathiser avec les yôkai, Natsume se retrouve pris dans un conflit opposant les humains aux êtres surnaturels, quel camp va-t-il choisir ?

Jusqu'à maintenant, Natsume n'avait eu à combattre que des yôkai, mais pour la première fois de sa vie, il devra lutter contre la cruauté humaine... À la demande d'un yôkai, Natsume enquête avec l'aide de Natori sur une mystérieuse série de meurtres qui frappent les esprits de la région. Nombre d'entre eux ont en effet été retrouvés morts, entaillés et vidés de leur sang... Mais alors qu'il met enfin la main sur le meurtrier, un homme l'accoste et se présente à lui comme étant le chef du clan Matoba. Qui est-il ? Et quelles sont ses intentions ?

Un nouvel avenir et des rencontres, plus inattendues les unes que les autres, s'offrent à Natsume.

De retour du lycée, Natsume est interpellé par un yôkai qui lui demande de sauver son ami coincé sous une pierre. Sans pouvoir répondre, Natsume se retrouve seul dans la forêt. Tout un groupe de yôkai menaçants l'encercle alors, et tente de lui dérober un carnet...

Natsume est interpellé par un ancien camarade de classe, qui fait très vite allusion à sa capacité de voir les yôkai, ces fameux être surnaturels. Mais Natsume préfère démentir devant ses amis. Son interlocuteur le menace alors de dévoiler son secret...

Invités chez Taki, Natsume et Tanuma décident, pour la remercier, de l'aider à nettoyer la remise où sont entreposés les breloques de son grandpère, exorciste amateur. En déplaçant certains objets, Natsume et ses amis libèrent par mégarde un puissant esprit. La nuit même, Natsume est agressé et comprend alors que Taki court un grand danger...

Bien que Natsume se soit aguerri au contact des yôkai, ces derniers continuent de lui mener la vie dure et font tout pour tromper sa vigilance. Yobiko, un yôkai doué pour contrefaire les voix, réussit à s'introduire dans la maison de Natsume et agresse le garçon.

Un jour, Natsume a la surprise de trouver une lettre de Matoba dans son courrier. Cependant, avant d'avoir eu le temps de la lire, le papier lui échappe des mains, emporté par un coup de vent. Entretemps, il se rend chez Natori pour régler une affaire d'exorcisme. De retour chez lui, une surprise de taille l'attend : Matoba en personne fait le pied de grue devant son portail.

Alors que Natsume rentre chez lui, deux yôkai lui jettent un sortilège qui le rend muet. Une autre créature le sauve mais, le prenant pour Reiko, décide de l'emmener dans son repaire.

Natsume se rend dans une grande et luxueuse maison où habitent un ancien exorciste et sa fille. Des événements étranges s'y déroulent...

Les techniques magiques permettant de rendre visibles les yôkai sont interdites par les exorcistes. Jusqu'à sa dernière entrevue avec Natori, Natsume ignorait l'existence de cette loi. Inquiet pour son amie Taki, il décide aussitôt de la mettre en garde contre l'utilisation des cercles magiques. Mais lorsqu'il se rend chez elle, il est malheureusement déjà trop tard...

Alors qu'il fait quelques courses, Natsume croise par hasard la route d'Aoi, un garçon mystérieux qui recherche une amie d'enfance. Sans surprise, ce dernier se révélera être un yôkai, mais celle qu'il recherche est bel et bien humaine. Quelle relation entretiennent-ils ? Curieux de connaître le fin mot de l'histoire, Natsume fera une découverte pour le moins surprenante... retrouvez également dans ce volume un épisode spécial qui vous révélera de quelle façon Natori et Matoba ont fait connaissance, et les liens qui les unissent tandis qu'ils cherchent, chacun de leur côté, à devenir exorcistes.

Natsume tombe par hasard sur Shiro, un yôkai, qui lui demande d'être juge lors d'un combat. Cet affrontement servira à déterminer qui est digne de succéder au maître des lieux... une autre histoire emmène Natsume dans la demeure d'un exorciste renommé. Depuis qu'il a disparu, tout le monde recherche son bureau, caché, censé renfermer de précieux documents. Mais certains secrets sont faits pour ne pas être découverts... dans ce volume, un épisode spécial mettant en scène une journée avec Natsume et maître Griffou vue par une jeune fille !

Natsume reçoit un coup de fil de Shibata, un de ses anciens camarades de classe, qui lui fait part d'une rumeur concernant une bâtisse mystérieuse, surnommée la maison des poupées ... Quels mystères et quels dangers ce lieu renferme-t-il ? Dans ce tome également, retrouvez Reiko, la grand-mère de Natsume, durant sa prime jeunesse, tandis qu'elle lance un défi à deux puissants yôkai, et démontre que face à la force, il faut avant tout savoir faire preuve d'astuce...

Natsume est venu en aide à un yôkai, mais ce dernier, pour le remercier... le rajeunit ! Désormais un enfant, le garçon perd la mémoire, et ne reconnaît plus ni maître Griffou ni aucun de ses amis. Pourra-t-il retrouver sa vie d'avant ? Dans ce même tome, découvrez l'histoire de ces épouvantails étranges qui cherchent à effrayer les humains pour s'approprier l'endroit où ils vivent, ou encore celle de cette divinité traversant une rivière sur une barque, son visage ne quittant jamais la surface de l'eau.