Au milieu du XIXe siècle, le Japon traverse une période de grands troubles. Emportée par l'épidémie de choléra qui ravage le pays, une mère laisse ses deux jeunes garçons orphelins. Shotaro, 14 ans, et Gentaro, 10 ans, décident de devenir samouraïs comme leur défunt père et se mettent en quête d'un maître pour apprendre à manier le sabre. Ils devront affronter de multiples dangers pour rester en vie...

Séparé de son frère, Shotaro apprend qu'il va être donné en sacrifice au cours d'un combat truqué. Sa seule chance de survie est de se battre. En à peine deux nuits, le jeune garçon devra apprendre à manier le sabre suffisamment bien pour tenir tête à un adversaire surentraîné...

Shotaro affronte Asaji au cours d'un combat à mort organisé dans le cadre de la cérémonie des coeurs purs. Face au champion du Dorentaï, le jeune garçon doit compenser son manque d'entraînement par sa volonté de survivre...

Shotaro, Gentaro et leurs compagnons se rendent au port de Yokohama où le gouvernement a entrepris de commercer avec les États-Unis. Leur objectif : débarrasser le pays des envahisseurs occidentaux et des traîtres qui ont pactisé avec eux.

Le Bakufu a exterminé les rebelles de Mito, privant les membres du Byakurentaï de leurs complices. Kiyozo et son bataillon blanc sont ainsi contraints d'élaborer un nouveau plan d'attaque pour mener à bien la mission qui leur a été confiée : couler le navire noir que les Américains ont amarré dans le port de Yokohama.

Dans le navire noir en flammes, Kiyozo et son groupe affrontent le Bakufu. La situation semble à leur avantage jusqu'à ce que l'armée des étrangers n'intervienne en faisant parler la poudre. Ino est blessé dans la bataille... Serait-ce la fin pour les rebelles du Byakurentaï ?

Une année s'est écoulée depuis que le Byakurentaï s'est installé à Edo. Après un entraînement draconien, Shotaro et son frère Gentaro ont acquis une excellente maîtrise du sabre. Désireux de tester leurs limites, ils décident de s'inscrire à un grand tournoi...

Après leur défaite respective face à Kanbee Sagawa, les frères Yukimura comprennent qu'ils auraient beaucoup à apprendre des habitants d'Aïzu. Gen et Sho se trouvent alors à un tournant de leur existence. Abandonneront-ils la gloire des batailles au profit d'une vie paisible ?

Partis à la recherche de Motokichi après que ce dernier a déserté le han d'Aïzu, nos héros arrivent à Edo. Lors d'une sortie nocturne en compagnie de Jirobei Kimura, Gen fait la connaissance de Shinsaku Takasugi, un révolutionnaire du han de Choshu. Cette rencontre changera-t-elle le cours du destin des frères Yukimura ?

Arrivé à Kyoto, le Byakurentaï devient l'unité spéciale de surveillance de la capitale. À l'approche du shogun Iemochi Tokugawa et de son armée de ronins, la tension monte en ville et des débordements sont à craindre. Une décision politique et stratégique du shogunat pourrait toutefois changer la donne...

L'incendie d'Ootsu continue de progresser et les combats s'intensifient. Les jumeaux Arara et Urara s'attaquent à Gentaro après avoir fait une victime inattendue. Pendant ce temps, la tension monte entre les différents han, et le Japon risque fort de sombrer dans la révolution...

Le Byakurentaï arrive dans le quartier des étrangers de Kobe et découvre qu'il a été mis à sac par un groupe d'hommes du han de Choshu, guidés par Shinsaku Takasugi. Dans un pays en pleine mutation, les Japonais se divisent entre ouverture et protectionnisme. Shotaro et Gentaro resteront-ils unis ?

Shotaro et Takasugi s'affrontent dans un terrible duel. Quelle en sera l'issue ? Et quelles seront les conséquences ? Dans un Japon divisé, nombreux sont ceux qui perdront la vie...

Le jeune Heizo aspire à devenir un vrai guerrier, mai Gentaro ne perçoit pas en lui les qualités nécessaires. Il décide toutefois de lui confier une dangereuse mission aux allures de baptême du feu. Malheureusement, cette décision aura des conséquences dramatiques...

Les membres des hans de Satsuma et d'Aïzu se sont rassemblés à Kyoto pour protéger le palais impérial contre l'offensive de Choshu. Le Byakurentaï des frères Yukimura se voit alors désigner un nouveau chef ainsi qu'une nouvelle mission qui pourrait bien faire basculer l'issue de la bataille. Mais rien ne se passe comme prévu... Dans l'ombre, les manigances politiques vont bon train et le pouvoir attise les convoitises !

Le perfide Rugi organise une réunion au sommet à Kurama, où les chefs des principaux han sont réunis. Il leur révèle alors son objectif : fonder l'Empire du Japon. Pendant ce temps, Shotaro épouse officiellement Mozu et se voit proposer par Katsu son premier grand bataillon. De son côté, Shinsaku Takasugi sait que ses jours sont comptés et il abat ses dernières cartes...

Shotaro a pris la tête d'un nouveau bataillon, le Bansatsutai, et s'est vu confier une périlleuse mission : aller tuer Shinsaku Takasugi en plein coeur du domaine de Choshu. La situation se complique encore davantage lorsque ses compagnons et lui se retrouvent face à d'étranges guerriers entièrement dévoués à la cause de leur ennemi juré, Rugi...

Shotaro obtient un entretien privé avec Takasugi, dont les jours sont comptés. Espérant sauver Samejima, retenu prisonnier, il propose sa vie en échange de celle de son ami. Cependant, la situation politique du pays a brutalement changé et l'ordre des priorités s'en trouve bousculé...

Les frères Yukimura et Ryankina, le prince de Ryukyu, ont reçu pour mission d'assassiner Ryoma Sakamoto et Rugi. Afin de surprendre l'ennemi, Gentaro décide d'utiliser un dirigeable comme bombardier, mais les conditions météo perturbent le plan initial. Ryoma, d'autre part, fait preuve d'une ingéniosité inattendue...

Sakamoto et Nakaoka périssent sous les coups des frères Yukimura. Ils n'assisteront pas à la grande modernisation que le Japon s'apprête à connaître. Shotaro et Gentaro, accompagnés du prince du royaume de Ryukyu, ont encore une mission à accomplir : tuer Rugi. Ils comptent sur Saigo Takamori pour les aider à débusquer le diabolique chef du Byakushinkyo, mais rien ne se déroule comme prévu...