François Schuiten est né à Bruxelles le 26 avril 1956 dans une famille d'architectes.
Il n'a que 16 ans lorsque ses planches sont publiées pour la première fois : "Mutation", une histoire courte entièrement dessinée au bic, paraît dans l'édition belge de Pilote.
A l'atelier bande dessinée de l'Institut Saint-Luc, il rencontre Claude Renard avec qui il réalisera deux albums: Aux médianes de Cymbiola et Le Rail, regroupés sous le titre Métamorphoses paru chez Casterman.
Avec son frère Luc, il élabore au fil des ans le cycle des "Terres creuses" dans Métal Hurlant. Trois albums sont parus à ce jour : Carapaces, Zara et Nogegon, bientôt réédités chez Casterman.
Depuis 1982, il travaille avec son ami d'enfance Benoît Peeters à la série "Les Cités obscures", publiant successivement Les murailles de Samaris, La fièvre d'Urbicande, L'Archiviste, La Tour, La route d'Armilia, Brüsel, l'Echo des Cités, L'Enfant penchée, Le Guide des Cités, L’ombre d’un homme et La Frontière invisible ainsi que The Book of Schuiten et Les Portes du Possible (tous aux éditions Casterman). Ces albums ont été traduits dans une dizaine de langues et ont obtenu de nombreuses récompenses.
François Schuiten a également dessiné d'innombrables affiches, illustrations, sérigraphies et lithographies. Il a réalisé une dizaine de timbres pour la poste belge.
Il a collaboré à la conception graphique de plusieurs films, dont Taxandria de Raoul Servais, et est coauteur d'une série en animation de synthèse, Les Quarxs de Maurice Benayoun. Avec Benoît Peeters, il est le co-scénariste de deux documentaires-fiction : Le Dossier B et L'Affaire Desombres. Parallèlement, il a scénographié l’opéra de Rossini, La Cenerentola, présenté à La Monnaie à Bruxelles ainsi qu’à l’Opéra de Lyon.
Il a réalisé de très nombreuses scénographies, dont la Ville imaginaire (Cités-Ciné Montréal), Le Musée des Ombres (présenté successivement à Angoulême, Sierre, Bruxelles et à Paris) ainsi que le Pavillon du Grand-Duché de Luxembourg à l'Exposition Universelle de Séville. Il est également le responsable de deux stations de métro : Porte de Hal à Bruxelles, et Arts et Métiers à Paris. Il fut le concepteur du gigantesque Pavillon des Utopies (A planet of visions) qui a accueilli cinq millions de visiteurs à l’Exposition Universelle d’Hanovre en l'an 2000, ainsi que du pavillon belge à l'Exposition de Aïchi 2005. Il a aussi réalisé la scénographie de l’exposition-spectacle Le Transsibérien, présentée à Bruxelles au Musée du Cinquantenaire dans le cadre d’Europalia Russie. Avec Benoît Peeters, il s'est occupé à Bruxelles de la restauration et de l'aménagement scénographique de la Maison Autrique, premier édifice Art Nouveau du grand architecte Victor Horta.
François Schuiten a obtenu en janvier 2002 le grand Prix d’Angoulême, la plus haute distinction européenne du domaine.
Actuellement, il travaille à la conception graphique de plusieurs films dont le prochain de Jaco Vandormael « Mr Nobody » pour 2009, et au scénario, avec Benoît Sokal, d’un film en animation de synthèse, « Aquarica » qu’ils réaliseront ensemble.
François Schuiten a également dessiné d'innombrables affiches, illustrations, sérigraphies et lithographies. Il a réalisé une dizaine de timbres pour la poste belge.
Il travaille aussi sur l’univers d’un spectacle itinérant de chevaux autour des performances de Mario Luraschi.