Evangeline se retrouve en 2004 au collège Mahora, avec les filles de la 3e  - A. Comme par le passé, elles s'entretiennent d'histoires de cœur et font des concours de karaoké dans un joyeux tumulte, avec insouciance… Est-ce  là  un rêve ou  une autre vision de  la réalité ? 

Alors que Tôta rassemble tous ses camarades, Kirié manque encore à l'appel. Où se trouve-t-elle, actuellement ? Gengorô l'a repérée dans la ville de Sendai. Tôta part donc à sa recherche et retrouve une Kirié bien changée : elle a grandi et n'est plus immortelle ! Que lui est-il arrivé ? 

Kirié  a rejoint les autres membres de UQ Holder et toute l'équipe se  plonge dans des recherches parmi toutes les notes laissées par  Negi  dans son atelier, afin de trouver une stratégie pour vaincre  Yolda, le mage du commencement. Mais soudain, une alarme retentit : l'ennemie passe à l'action !  Tôta  et ses amis se préparent à partir pour Pluton… 

Une très mauvaise surprise attend les  HQ Holder  sur Pluton. L’ennemi  toujours  aux multiples ressources a trouvé un moyen de neutraliser l’immortalité. Alors que tout semble perdu,  Gengorô  se réveille dans un monde qui lui semble familier... 

Revenus de la dimension parallèle de  Gengorô,  Tôta  est ses amis parviennent à repousser  Asuna  et les anciennes élèves de  Negi. Au même moment, sur Terre, des démons gigantesque attaques les capitales de plusieurs pays. Il s'agit d'un assaut mené par Baal, le vampire pure souche ! Fate tente alors de rappeler  Tôta  et les autres numéros de UQ Holder pour qu'ils viennent sauver la Terre de la destruction. 

Santa est aux prises avec Ikkû, qui s'est fondu avec la totalité d'internet et qui veut lui aussi étendre sa domination sur le système solaire. De leur côté, Tôta et les autres numéros de UQ Holder assistent à des scènes de carnages issus des souvenirs de Yolda Baoth… Arriveront-ils à revenir de Pluton à temps pour aller faire face au pure souche Baal ? 

La flotte du système solaire est en route pour Charon, où se trouve le pure souche Baal. Il faut absolument vaincre ce vampire pour faire cesser l'attaque des titans blancs, qui sont en train de massacrer les humains à la surface de la Terre. Les numéros de UQ Holder vont montrer les résultats de l'entraînement qu'ils ont mené pendant les quatre dernières décennies !

Tôta a ramené à la vie son grand-père, Negi Springfield, le Magister Magi. À eux deux, ils sont assez puissants pour contrer Yolda Baoth et l'empêcher de plonger l'humanité dans le sommeil. La stratégie mise en place à l'avance par Yukihime repose actuellement sur Honoka et Isana, qui doivent s'enfuir assez loin pour stopper le sort de Yolda. Mais celle-ci ne l'entend pas de cette oreille et se lance à la poursuite des deux sœurs.

La bataille finale a débuté entre Tôta et Negi d'un côté, Yukihime Yolda et Nagi de l'autre. Les autres membres de UQ Holder sont en train d'affronter les anciens amis de Negi, tous contrôlés par Yolda. Mais il existe peut-être un moyen de les libérer de son emprise, ce qui ferait indéniablement basculer le cours du combat.

Tôta a fini par atteindre le noyau d'immortalité de Yolda ! L'ennemi est éliminé, les numéros de UQ Holder, épaulés par les élèves de Mahora, ont enfin remporté cette bataille qui durait depuis si longtemps. Mais à quel prix ? Finalement, Tôta n'aura pas pu sauver Yukihime… à moins que…