Jinbei et Gengorô sont aux prises avec Cutlass, la manipulatrice du temps, qui maîtrise également la magie noire de Vénus et dispose de plusieurs transformations. Mue par une haine farouche envers les immortels, elle est bien décidée à les neutraliser tous les deux. Mais elle ignore encore les conditions de résurrection de Gengorô, qui ne cesse de revenir intact à chaque fois qu'elle le tue.

Pour éviter l'impact d'un missile nucléaire sur la station orbitale du Japon, Tôta et ses amis doivent parcourir 300 kilomètres en une demi-heure le long de l'escalier de la tour. Arrivés à destination, les numéros de UQ Holder se déploient à leurs postes respectifs : Tôta, Karin et Gengorô sont téléportés sur le missile pour arrêter sa course et capturer l'ennemi qui le dirige. Mais vont-ils réussir avant que le terroriste ne largue les ogives ?

Le point de sauvegarde de Kirié a été saboté ! À présent que son pouvoir, Reset and restart, est inutilisable, une nouvelle menace plane sur UQ Holder. Tôta parviendra-t-il à désamorcer un train piégé avant qu'il s'écrase sur un centre commercial ? À moins que la vie de Kirié compte pour lui encore davantage que celle de millions d'innocents...

Tôta et ses amis ont localisé la bombe nucléaire chargée dans le train et mettent en application un plan pour évacuer les passagers et isolé le wagon piégé. Mais cette bombe était en réalité un leurre ! Où se trouve la vraie, alors ?

Il est temps pour Yukihime de révéler à Tôta le secret entourant sa naissance... Mais avant le grand saut, elle se remémore quelques souvenirs personnels en compagnie de Chachazéro, sa partenaire de longue date, qui souhaite l'aider à lui faire avouer ses sentiments envers son protégé.

Après avoir visionné le passé d'une dimension parallèle version "happy end", Tôta et ses amis découvrent le passé de leur propre monde et constatent à quel point l'absence d'Asuna a radicalement bouleversé le cours des choses..

Le combat de Negi contre Yolda s'est achevé sur une note tragique, avec la perte de plusieurs de ses camarades. Épuisé moralement et gravement malade, le jeune magicien se réfugie chez Evangeline, qui prend soin de lui pendant plusieurs mois. Une fois de nouveau sur pied, Negi étudie les moyens d'affaiblir son ennemie pour pouvoir l'affronter de nouveau à l'avenir.

Pour vaincre le Mage du Commencement, il faut retourner les pouvoirs de Yolda contre elle-même. Or, Negi est le seul à se savoir servir de cette magie, étant lui-même un descendant de Yolda. C'est pourquoi il entame, avec l'aide de Fate, un projet de clonage pour mettre au monde un être qui aura hérité des pouvoirs de sa lignée. Le sujet le plus prometteur est un petit garçon nommé Tôta mais hélas, il n'est pas encore tout à fait au point...

Alors que Tôta et ses amis décident de sentraîner encore et toujours pour devenir encore plus puissants, Camo débarque et leur propose une solution radicale pour y parvenir plus vite : conclure un pacte temporaire entre Tôta et l'un de ses camarades.

Découvrez la suite des aventures de Tota et ses amis.

Karin continue à se livrer à Tôta et lui raconte son passé : sa rencontre avec Evangeline, 600 ans auparavant, et leur lutte commune pour débarrasser la surface de la Terre des mauvais magiciens venus de la face cachée de Mars pour asservir la population et vider les réserves de magie de la planète…

Suite du combat d'Evangeline (Yukihime) sur la face cachée de Mars pour empêcher les habitants du monde magique d'envahir la Terre du Moyen-Âge. Accompagnée de Karin et de Jinbei, elle devra lutter contre un redoutable vampire de la noblesse ainsi que contre l'armée de tout un pays.

Karin finit de raconter à Tôta son passé avec Yukihime. Alors qu'elle vient de proposer à Yukihime de nouer un Pactio avec elle, elles se font attaquer par un redoutable vampire pure souche. À l'aide d'une graine, il emprisonne Karin à l'intérieur d'un arbre gigantesque. Quand elle se réveille, plus d'un siècle s'est écoulé…

Alors que Tôta noue des Pactio avec tous les membres de la bande, Kirié commence à se sentir à l'écart : en effet, elle est la seule à ne pas pouvoir conclure de contrat magique, car le rituel demande à ce que les deux contractants s'embrassent et dès qu'elle embrasse Tôta, le temps s'arrête et le processus est interrompu. Heureusement, Camo connaît un autre moyen pour passer un Pactio sans recourir à un baiser. Tôta et Kirié vont-ils enfin être unis ?!

À présent que Tôta a noué des Pactio avec tous ses amis, il est temps de passer à l'action ! Il se rend donc en haut de l'ascenseur orbital à la rencontre de Fate, son premier adversaire, afin de lui exposer son projet de sauver à la fois le monde et son grand-père Negi. Mais le magicien sera-t-il disposé à l'écouter ?

Alors que tous ses amis ont obtenu des artefacts et donc de nouveaux pouvoirs magiques, Tôta décide de chercher un moyen de s'améliorer à son tour. Il demande à Kurômaru et Santa de l'accompagner dans les sous-sols de l'auberge imaginaire. Là-bas, ils empruntent un passage vers la gigantesque bibliothèque située sous l'école Mahora ! Tôta devrait pouvoir trouver les informations qu'il cherche, mais comment faire pour se repérer dans ce dédale rempli de livres ?

Trois mois avant sa rencontre avec Fate, Tôta s'est entraîné avec Nikitis, le numéro 8 de UQ Holder, dans la bibliothèque située dans le sous-sol de la capitale. Le vampire pure souche l'aide à peaufiner une toute nouvelle technique dans les moindres détails et lui donne de nombreux conseils pour s'améliorer. Alors pourquoi, dans le présent, Nikitis déclare-t-il vouloir éliminer Tôta ?

Le quartier général de UQ Holder subit une attaque menée par… deux membres de UQ Holder ! Jûzô et Shichijûrô, deux numéros très puissants, sont désormais sous les ordres de Baal, un terrifiant vampire pure souche, et affrontent ceux qui étaient leurs camarades par le passé. Même Jinbei a bien du mal à leur tenir tête… L'un des plus anciens immortels va-t-il finalement succomber ?!

Les deux plus puissants numéros de UQ Holder se sont retournés contre leur clan ! Alors que Karin, Kurômaru, Santa et Gengorô tentent de tenir tête à Shichijûrô, un esprit de lumière, un rude combat s'enclenche entre Jinbei et son ancien disciple, Jûzô Shishimi. Celui-ci a entraîné sa lame de façon à ce qu'elle puisse trancher n'importe quelle matière. Pire, il peut même trancher les concepts abstraits et les malédictions ! Comment Jinbei, vulnérable à la décapitation, va-t-il s'y prendre pour lui faire face ?

Jinbei et Jûzô sont toujours en train de mener un combat acharné. Et l'issue est loin d'être évidente, car si Jinbei est l'un des plus puissants Numéros de UQ Holder, il n'est pas invulnérable. Or, son adversaire est si doué avec sa lame qu'il est capable de couper tout et n'importe quoi ! Son ancien mentor arrive-t-il à le ramener à la raison avant que l'irréparable se produise ?