Nagi Taira était le meilleur tueur à gages, mais il est plongé dans un état végétatif depuis le jour où il a reçu une balle dans la tête pour protéger sa petite soeur. Cependant, lorsqu'il sent une pulsion meurtrière dirigée vers lui, il reprend temporairement conscience. Afin de retrouver son état normal, Nagi va continuer sa rééducation en affrontant de puissants ennemis à l'aide de son fauteuil roulant !

Nagi et Shizuka ont réussi à repousser l'attaque des frère et soeur Kurosaka, des assassins qui viennent de l'Académie qu'ils fréquentaient autrefois. Ensuite, ils ont été forcés de se déplacer de planque en plaque dans l'île de Guicheng afin d'échapper à leurs poursuivants, mais leur ancien professeur qui dirige l'Académie a envoyé un nouvel assassin redoutable à leurs trousses...

Nagi a revu son professeur dans un monde psychique où une lune noire domine les cieux. Mais le frère de Shizuka a refusé l'offre de son ancien "instructueur" qui lui proposait de devenir un être "parfait" comme lui. Même s'il est "inachevé", Nagi a décidé de vivre comme un être humain avec sa soeur. La bataille finale est sur le point de commencer...