XVe siècle, Japon. Le monde est aux mains des oni, d’effroyables démons pourtant vénérés comme des dieux par le peuple, qui ignore tout de leur nature maléfique ! La vérité, seuls les bushi, de valeureux guerriers, la connaissent. Mais ces combattants sont traités en parias et condamnés à vivre dans la honte, de peur qu’ils ne renversent l’ordre établi. Cela n’empêche pas Musashi de rêver avec Kojirô, son ami d’enfance et descendant de bushi, de parvenir un jour à libérer le Japon en mettant un terme au joug des oni ! Ensemble, ils se sont jurés de fonder le plus puissant des clans de bushi. C’est ici que commence leur quête.

Alors qu’ils s’apprêtaient à vaincre leur premier oni, Musashi et Kôjiro se font doubler au dernier moment par le clan Takeda, qui leur ravit la victoire ! Musashi enrage, mais n’a pas dit son dernier mot : il compte bien prendre un jour sa revanche sur leur chef ! Celui-ci, malgré tout beau joueur, offre aux garçons un étrange artefact afin de les aider dans leur quête. Ainsi équipés, les deux amis  partent sans plus tarder à la chasse aux oni, hors de leur village natal. Malheureusement, le monde extérieur, qui leur est complètement inconnu, est loin d’être aussi clément qu’escompté envers de jeunes bushi…

Mal préparés pour leur voyage, Musashi et Kojirô ont trouvé refuge au château Samidare grâce à Tsugumi, une jeune bushi malicieuse qui les y a conduits. Mais, alors qu’une gigantesque vague d’oni s’apprête à frapper l’endroit, le seigneur des lieux, Hideo Kosameda, refuse de battre en retraite, quitte à sacrifier les civils ! La seule en mesure de changer la donne est Tsugumi, sa fille adoptive. Néanmoins, après des années de servilité, impossible pour elle de lui tenir tête ! Pourtant, Musashi et Kojirô sont convaincus qu’elle en est capable et feront tout pour lui permettre de déployer ses ailes.

Le clan Kanemaki s’étoffe ! Le seigneur Kosameda vaincu, Tsugumi se joint à Musashi et Kojirô dans leur aventure. Tandis qu’ils font route vers un nouveau kishin, Musashi rencontre un bushi vagabond qui lui révèle la puissance des “sabres kitetsu”, l’arme ultime contre les oni ! Décidés à s’en procurer, Musashi et Kojirô profitent de la vente aux enchères organisée à Daitô, la ville minière ciblée par le kishin, pour s’en procurer. Mais, pour cela, il leur faut se soumettre à “l’épreuve du sabre”. Or, si celle-ci semble en bonne voie pour Kojirô, il est loin d’en être de même pour Musashi...

Musashi déprime : son âme noire pourrait le priver d’un sabre kitetsu... et de son rêve. Mais si cette couleur inspire la méfiance à tous, elle attire aussi la convoitise de Shirô Inukai. Le vagabond approche le jeune garçon sous couvert de compassion pour tenter de le transformer en sabre et ainsi extraire de lui la “déesse obsidienne” dont il est l’hôte ! Dépassé par la puissance de son adversaire, Musashi tutoie la mort. Il ne doit sa survie qu’à un heureux hasard, mais ce sont à présent Kojirô et Tsugumi qui sont pris pour cibles par son assaillant. Arrivera-t-il à temps pour les sauver ?!

Grâce à l’aide de la déesse obsidienne dont il est l’hôte, Musashi parvient à mettre en déroute les deux bushi noirs. En outre, il réussit même haut la main l’épreuve du sabre, révélant la vraie couleur de son âme : un rouge flamboyant ! Le clan Kanemaki fait désormais route vers de nouveaux horizons, à l’est. Mais un obstacle de taille les y attend : un oni d’une puissance insoupçonnée. L’alliance Uesugi, dont le père de Kojirô aurait pu faire partie, œuvre à sa destruction. Pour en savoir plus, la fine équipe décide de s’infiltrer dans le château du chef de clan… mais à quel prix ?

En quête d’indices sur Jisai, le clan Kanemaki intègre l’alliance Uesugi. Premier objectif : la reconquête de l’île d’Awaji ! Malheureusement, Musashi se retrouve séparé de Tsugumi et Kojirô et rejoint, seul, une escouade à l’ambiance électrique, destinée à être placée en première ligne. Le combat s’engage entre ses membres pour en prendre la tête, et Musashi n’est pas en reste. Mais la bataille d’Awaji réserve bien des surprises au jeune bushi, à commencer par une leçon d’humilité des plus sévères…

Alors que l’opération de reconquête de l’île d’Awaji s’amorce, l’ignorance de Musashi lui vaut d’être ridiculisé devant toute son escouade. Conscient qu’un bushi incapable de relier son tôki avec celui de ses compagnons n’est bon à rien, il commence à s’entraîner sous la houlette d’Amako. Mais lorsque Michiru décide de se joindre à eux, leurs tôki entrent en résonance et révèlent la présence de la déesse obsidienne au sein du château ! Il n’en fallait pas plus pour que les Chiens Noirs la flairent et fassent déferler leurs troupes sur ce dernier…

Musashi, aux prises dans un affrontement avec Yatarô, doit également faire face à une Michiru devenue amnésique. L’attaque menée par la confrérie de l’obsidienne a réduit à néant les capacités de combat des soldats noirs et considérablement affaibli l’alliance Uesugi qui se retrouve au bord de l’effondrement… L’opération de récupération de l’île d’Awaji s’annonce impossible. Leur dernier espoir ne réside plus que dans la stratégie mise au point par Kuroko et dans le secret de la déesse obsidienne !

Après de nombreux rebondissements, Kuroko réussit finalement à prendre le dessus dans le duel stratégique qui l’opposait à Seiroku. Grâce à elle, Naoe parvint à briser le sabre kitetsu de ce dernier et ainsi redonner leurs pleines capacités à l’unité d’élite. De nouveau capable de rompre les cornes du kishin Yamata no Orochi, l’alliance Uesugi doit maintenant terrasser les trois Chiens Noirs qui barrent leur route. Le plan de récupération de l’île D’Awaji entre dans sa phase finale !

Naoe a pu protéger ses compagnons de Seiroku et faire honneur à l’héritage laissé par le seigneur Uesugi. Naotora, de son côté, a vaincu Shirô et pu prouver la valeur des lames bleues. C’est maintenant au tour de Musashi de remplir sa mission en terrassant Yatarô, le dernier Chien Noir à protéger le kishin. Mais le jeune guerrier est relégué au rang de fardeau au sein de l’escouade Shimazu. Or, un bushi ne peut combattre seul. Il devra faire ses preuves pour gagner la confiance de ses camarades et parvenir à souder une équipe déchirée…

La situation semble désespérée ! Yatarô, qui a fusionné avec le kishin,  emporte tous les minerais de la mine vers Orochi. Si ce dernier  recouvre toutes ses forces c’en est fini de l’alliance Uesugi qui finira  anéantie. Seule l’escouade Shimazu est en mesure de l’arrêter mais elle doit pour ça réparer les liens brisés. Pour finaliser l’opération  de récupération de l’île d’Awaji, l’alliance doit également parvenir  à secourir Tatsuomi et, plus important pour Musashi :  retrouver Michiru !

Grâce aux pouvoirs de la déesse obsidienne et de son tôki doré, Musashi a vaincu Yatarô ! Les bushi de l’Alliance Uesugi peuvent enfin se réjouir et être récompensés pour leurs exploits. Mais sans attendre, les membres de la confrérie de l’obsidienne se livrent à nouveau à de sombres machinations. Maintenant que l’identité du réceptacle de la déesse a été confirmé, les cinq grands généraux, souverains des plus grands clans de bushi, doivent passer à l’action rapidement. Le combat de Musashi entre dans une nouvelle phase !

Le mystère entourant le père de Kojirô se désépaissit ! L’ancien réceptacle aurait été un mercenaire légendaire respecté par tous les clans de bushi. Fort de cette soudaine renommée, Musashi obtient des grands généraux toutes les parts du sang de la déesse obsidienne. Le jeune guerrier n’aura pas le temps de prendre connaissance de ses nouvelles capacités car, au même moment, les Chiens Noirs lancent une attaque simultanée sur des mines dans tous les coins du Japon ! Parmi eux, Musashi reconnaît son ami disparu, Katsumi…

La confrérie de l’obsidienne a lancé une guerre totale contre les cinq grands généraux. Et ces derniers comptes bien s’organiser pour contre-attaquer ! Musashi, déterminé à sauver son ancien camarade, Katsumi Amako, décide de se lancer lui aussi dans cette bataille ! Accompagné de son clan, il se rend au château du seigneur Hôjô dans l’espoir de trouver la clé pour éveiller les pouvoirs de la déesse en lui. Ils y apprennent que les lames noires forgées avec le kitetsu du kishin noir peuvent leur permettre de décupler leurs forces de frappe. Musashi et Kojirô suivent alors le clan Hôjô à l’assaut du kishin originel afin de prélever de son kitetsu, et c’est en son sein que Kojirô va y faire une rencontre innatendue…

Quelle est donc cette mystérieuse mission que Jisai Kanemaki, le héros de jadis, a confié à Kojirô lors de l’épreuve du sabre ? Afin d’obtenir des réponses à ses nombreuses questions, le jeune homme interroge Shishikado Hôjô, qui a connu son père autrefois. Celui-ci lui relate leur rencontre, son combat héroïque lors de la “Grande Guerre” et son destin tragique…

Le grand plan orchestré par les Chiens Noirs a été mis à exécution : une multitude de kishin déferle sur les châteaux des grands clans de bushi ! Shishikado fait face à Kazumasa Inuzuka, qui avait déjà mis le clan Hôjô à rude épreuve lors de la Grande Guerre. Shishikado va devoir affronter ses anciennes peurs pour espérer décrocher la victoire... De son côté, Musashi s’engage dans un terrible duel avec Mikito Inumura. Alors que le jeune homme lutte désespérément, la déesse obsidienne apparaît de nouveau devant lui !

Au terme d’un combat sans merci, Musashi, vaincu par Mikito, est capturé. De son côté, Shishikado est grièvement blessé par Kazumasa et le château des Hôjô est sur le point d’être détruit… C’est alors que Kojirô entre en scène pour affronter les deux Chiens Noirs avec son nouveau sabre et le pouvoir du Fourreau ! Malgré ces atouts, la tâche semble insurmontable. Le jeune homme est contraint d’utiliser un stratagème des plus ingénieux pour espérer emporter la victoire…

Le plan de la confrérie de l'obsidienne est un succès ! La grande chaîne s'est activée et le kishin noir recouvre à présent l’entièreté du Japon, le plongeant dans une nuit éternelle. Étrangement, les kishin ont totalement disparu et le calme est revenu. Mais les habitants du Japon commencent à développer d'étranges symptômes. Les cinq grands généraux parviendront-ils à unir leurs forces pour surmonter ce nouveau défi ? Car le compte à rebours mortel a déjà commencé…

Le kishin noir a englouti le Japon le plongeant dans une nuit éternelle. Dans cet environnement nocif, le corps des humains se détériore rapidement et il ne reste plus que sept jours avant l'extinction totale de l'humanité ! Le seul moyen de sauver tout le monde est de couper la corne du kishin noir. Hélas, les efforts des cinq généraux sont restés vains et les pertes s'accumulent... Mais après avoir galvanisé les troupes, Musashi, Kojirô et les cinq généraux sont soudainement téléportés en plein coeur de la base ennemie. La confrérie de l'obsidienne va révéler ses secrets et impose ses conditions pour sauver l'humanité…