Kagerô et Momiji sont deux amis d’enfance qui ont vécu l’apparition de “l’Encre du Néant”, dans le ciel une gigantesque sphère noire qui a provoqué une catastrophe sans précédent.Dix ans plus tard, l’Histoire se répète. Des créatures projetées par la sphère attaquent le lycée de Kagerô et Momiji. Tous deux survivent à leurs blessures, mais développent des capacités surhumaines. Devenu un “ember”, Kagerô n’hésitera pas à consumer la flamme de sa vie pour protéger celle qu’il aime,parfois d’elle-même...

Momiji s’est métamorphosée en Doros… Bien décidé à la rendre à nouveau humaine, Kagerô se résout à accepter l’aide de Shimura et de ses compagnons. Ensemble, ils vont devoir affronter la mystérieuse organisation Apothanasia, qui veut enlever Momiji. Mais devant l’écrasante puissance de l’ennemi, Kagerô comprend que ni ses capacités d’humain ni son pouvoir d’Ember ne seront à la hauteur… 

Peu après avoir réussi à secourir Momiji, Kagerô voit surgir devant lui un gigantesque « dross ». Fermement résolu à avoir le dessus sur ce redoutable ennemi, le jeune garçon n’hésite pas à consumer sa force vitale durant leur combat ! Mais les événements vont prendre une tournure des plus inattendues…

Six mois se sont écoulés depuis la libération de Terra, qui représente la volonté de la Terre. Kagerô et Momiji, qui sont tous deux devenus des clés, s’efforcent de survivre dans la plus grande discrétion. Alors que le monde doit faire face à une invasion massive de dross risquant de le précipiter à sa perte, les humains parviennent à mettre au point des armes anti-dross qui fonctionnent grâce à la chaleur des embers... C’est alors une vaste opération de liquidation des dross qui est lancée !

Depuis que Momiji a décidé de partir de son côté, Kagerô ne cesse de broyer du noir. Mais pendant ce temps, les dross continuent à s’attaquer aux humains... Le combat doit donc continuer. À force d’hésitations, Kagerô est en passe d’oublier ce qu’il y a de plus important dans sa vie, mais il finit par trouver la réponse tant espérée... et enfin, son cœur s’enflamme à nouveau ! L’affrontement décisif entre la planète Terre et le genre humain est imminent !