Sumio est un lycéen ordinaire, à l'exception près qu'il cache un secret : le pouvoir de lire l'avenir dans son "Dream Diary"... Un jour, alors que sa mère vient de disparaître dans des circonstances obscures, il se retrouve enfermé dans l'enceinte de son école, avec six autres élèves. Une entité mystérieuse du nom de Enigma leur annonce qu'ils vont devoir réussir un test étrange : parvenir en 72 heures à s'échapper de leur prison, malgré les "ombres" qui rôdent et les énigmes qui jonchent leur parcours. Leur seule chance de réussir : faire chacun appel à leur faculté spéciale...

Sumio et les autres trouvent Jirô Matsurigi enfermé dans un incinérateur et sont confrontés à un dilemme : récupérer le mot de passe ou sauver leur compagnon. Le temps presse d'autant plus que Jirô est aux prises avec l'ombre qui tente de le consummer. Mais alors que tout semble perdu, sa faculté se manifeste subitement ! Les lycéens réussiront-ils à déjouer la prédiction de Sumio en résolvant l'énigme sans sacrifier leur camarade ?

24 heures après le début de l'E-Test, Enigma convoque les participants pour un compte-rendu de la situation. C'est l'occasion que Sumio attendait pour défier leur ravisseur : il impose la participation de Kurisu dans la macabre épreuve et affirme que ses camarades et lui s'évaderont tous les huit !! Mais les élèves ne sont pas au bout de leur peine, car la clef du quatrième mot de passe se trouve sur Aru Mizusawa, qui manque toujours à l'appel...

Sur les traces du cinquième mot de passe, Sumio et ses camarades continuent d'explorer les couloirs du labyrinthe infini. Alors qu'ils commencent à atteindre leurs limites physiques et mentales, une lueur d'espoir se dessine : la faculté spéciale de Takemaru se réveille !! Cette découverte leur suffira-t-elle pour échapper à ce funeste dédale ?

En voulant venir en aide à son ami d'enfance Sumio, le pouvoir de Shigeru se révèle enfin ! Par la même occasion, le jeune homme découvre la vérité sur son Dream Diary, alors qu'il est toujours pris dans le piège tendu par le machiavélique professeur Kijima. Alors que l'échéance du morbide e-test est sur le point de tomber telle un couperet, l'heure des révélations se rapproche !

Au terme d'une longue série d'épreuves, Sumio et ses camarades sont finalement parvenus à échapper à l'E-Test. Devenu Enigma à la place de Kirio, Sumio a désormais pour mission de détruire le crâne. C'est alors qu'il reçoit un appel de son père disparu lui ordonnant de monter à bord d'un mystérieux train en direction de l'île du Squelette. Malheureusement, c'est seul que le jeune homme s'engage vers sa destination car Shigeru, qui l'accompagnait, a mystérieusement disparu... Parmi les multiples pièges que lui réserve le train, Sumio rencontre trois curieux passagers qui semblent eux-aussi dotés de pouvoirs. Avec la menace de l'ennemi malfaisant qui plane au-dessus d'eux, parviendront-ils à atteindre le terminus en vie ?

Toujours à bord du train pour l'île du Squelette, Kirio a rejoint Sumio afin d'affronter l'effroyable cannibale. Mais avant de s'attaquer à ce dévoreur de pouvoirs, nos deux compagnons doivent libérer leurs amis qui se consument dans son ventre. Une seule solution : plonger dans son passé afin de comprendre la mystérieuse raison qui le pousse à convoiter le crâne... Cette ultime épreuve verra-t-elle Sumio percer le secret de l'île du Squelette et rompre sa malédiction ?