Glass Heart est une adolescente entraînée à tuer par l'organisation criminelle taïwanaise Zheng Dao. Lorsqu'elle tente de se suicider, ses employeurs la sauvent en lui greffant le coeur de Kaori Makimura, l'ancienne partenaire de City Hunter tragiquement décédée. Revenue à la vie, Glass Heart s'enfuit et, guidée par les souvenirs de Kaori, elle se rend à Shinjuku pour retrouver Ryo. Quelle sera l'issue de leur rencontre ?

Ryo et Glass Heart se rencontrent enfin. Au même moment, non loin de là, monsieur Li, le parrain de la Zheng Dao, est abattu par un sniper. Persuadés que seule Glass Heart a pu commettre un tel acte, les hommes de Li envoient l'unité d'assassins Qing Long à sa poursuite. Pour protéger la fugitive et les habitants de Shinjuku, City Hunter entre en action.

La bataille de Shinjuku s'est achevée sur la défaite du Qing Long, l'unité d'assassins de la Zheng Dao. Avant de quitter le Japon, Li Jian-Qiang, parrain de la puissante organisation mafieuse et père biologique de Glass Heart, a révélé à Ryo Saeba le vrai nom de la jeune fille...

La première cliente du nouveau City Hunter est une petite criminelle nommée Nagisa. La demoiselle s'est servie de ses charmes pour duper Xin-Hong et lui voler son salaire. À la demande de Ryo, Xiang-Ying accepte de remplir la mission, mais l'affaire prend une tournure inattendue... Glass Heart a-t-elle l'étoffe d'un City Hunter ?

City Hunter a été engagé pour enquêter sur un homme que Xiang-Ying a assassiné. Pour ne rien arranger, sa cliente n'est autre que Yume, la fille de la victime. Au cours de leurs recherches, Xiang-Ying et Ryo découvrent que cet individu était en réalité un tueur à gages nommé Mad Dog. Et son ancien partenaire, Dog Walker, est bien décidé à empêcher Yume de connaître la vérité.

C'est l'anniversaire de la mort d'Hideyuki Makimura, frère aîné de Kaori, petit ami de Saeko et meilleur ami de Ryo Saeba. Mais City Hunter n'aura pas le temps de se recueillir sur sa tombe, car l'homme qui l'a assassiné a précisément choisi ce jour pour réapparaître ! Atteint d'une cirrhose en phase terminale, le tueur a orchestré sa fin de la plus cruelle des façons...

Une émotion inconnue a saisi le coeur de Xiang-Ying. Serait-ce l'amour...? Par ailleurs, une nouvelle mission apparaît sur le tableau des messages : « Retrouvez ma soeur ! » Qui est cette cliente qui a donné rendez-vous au café Cat's Eye ?

Une nuit, Sayuri et Xiang-Ying font un rêve qui leur révèle les souvenirs de Kaori lorsqu'elle vivait à Shinjuku. Les deux femmes découvrent également la raison pour laquelle Ryo a toujours refusé de quitter ce quartier...

Xin-Hong a retrouvé Bai-Lan, une ancienne camarade de l'unité Qing Long, qui a été transférée dans l'unité Bai Hu, spécialisée dans l'espionnage. Alors qu'elle doit faciliter l'assassinat de Shunsuke Hayakawa, Bai-Lan hésite. Quel lien a-t-elle noué avec Hayakawa ? Xin-Hong parviendra-t-il à la sauver ?

Un soir, une étrange petite fille apparaît devant Saeko. Prénommée Miki, elle a le don d'apporter le bonheur à tous ceux qu'elle approche. Au même moment, Joy Law, une célèbre actrice de films d'action, arrive au Japon pour un tournage. Elle demande à Xiang-Ying de se faire passer pour elle...

Tomomi Asakura, talentueuse journaliste et présentatrice adulée de tous, est tombée sous le charme de Ryo Saeba. Elle semble bien décidée à le séduire, au plus grand bonheur de l'homme au célèbre Mokkori. Malheureusement, les roucoulades risquent bien d'être remises à jamais avec l'arrivée au Japon de Yang Fang-Yu, mercenaire avec laquelle Ryo a autrefois écumé les champs de bataille. Fang-Yu a besoin de l'aide de City Hunter pour... détruire un virus mortel que des terroristes veulent utiliser comme arme biologique !

Xiang-Ying fait la connaissance fortuite de madame Reisen, une voyante. D'abord sceptique, Xiang-Ying s'aperçoit bientôt que les dons de la jeune femme sont réels. Lorsque cette dernière prédit la mort imminente de Shogo Shimazu, un jeune policier, Xin-Hong ne peut s'empêcher de se sentir impliqué. Refusant les paroles prophétiques de madame Reisen, il décide de tout faire pour sauver la vie de Shimazu. City Hunter parviendra-t-il à changer le futur ?

Miki vient d'entrer à l'école élémentaire, mais après la panique provoquée par Umibozu lors de la cérémonie de rentrée des classes, les autres enfants l'évitent et elle n'arrive pas à se faire d'amis... Umibozu fait tout son possible afin de trouver une solution. C'est alors que le car d'excursion scolaire dans lequel se trouvent Miki et ses camarades est détourné par un forcené ! L'heure est venue pour City Hunter de reprendre du service...

La redoutable Yang est de retour au Japon. Son bateau, aménagé en laboratoire pour la fabrication d'un vaccin contre une terrible arme biologique, a été attaqué par le pays T. Pour le récupérer, la mercenaire met sur pied un plan ambitieux : enlever le prince de ce pays pendant son voyage secret à Shinjuku. Mais Yang ignore que ce prince est un homme fantasque dont rien n'arrête les délires...

Yang Fang-Yu serait prête à raccrocher son uniforme de mercenaire pour devenir... City Hunter ? Ryo Saeba accepte un pari pour l'en dissuader mais il vient de tomber dans un piège de taille... En effet, la mercenaire lui a fait promettre que si elle parvient à remplir leur prochaine mission, elle deviendra sa partenaire dans la vie !

Yi-Ling, une jeune étudiante étrangère, s'est suicidée sans que personne ne comprenne pourquoi. Afin de découvrir la vérité sur cette mort, Xiang-Ying s'est inscrite au cours du soir que la défunte fréquentait. Mais à peine arrivée, la voilà devenue l'idole d'un groupe de trois délinquants bien décidés à jouer les gardes du corps. Plus City Hunter enquête, plus l'affaire se complique. Quel terrible secret se cache derrière la mort de Yi-Ling et qui est le Caméléon ?

Miku est une hôtesse de cabaret, terrorisée par un mystérieux harceleur. Toujours disponible pour sauver les jolies femmes en danger, Ryo bondit sur l'occasion de l'aider. Mais il découvre vite que la requête de la belle n'est pas ce qu'il pensait... Elle souhaite en effet que City Hunter mette un terme à son avenir. Ryo acceptera-t-il de remplir cette mission ?

Grâce à leur aptitude pour les arts martiaux, Xiang-Ying et Xin-Hong ont été recrutés dans la troupe de danse Kapodan. Mais lorsque le passé de l'une des danseuses la rattrape, tous les membres du groupe deviennent la cible d'un gang yakuza. Pour couronner le tout, le vieux Chen a organisé une représentation publique... À présent qu'elle a découvert un monde de lumière dont elle n'aurait jamais osé rêver, quel chemin Xiang-Ying va-t-elle choisir ?

Umibozu a fait la rencontre de Hazuki, la fille d'une infirmière qui l'avait soigné à l'époque où il était mercenaire. La jeune femme semble séduite mais Umibozu persiste à croire qu'il ne s'agit que d'amitié... Dans le même temps, le Caméléon tire les ficelles d'un conflit entre le café Cat's Eye et une nouvelle organisation mafieuse, la Xin Gong, contraignant Umi et toute la bande à infiltrer le casino clandestin de la Xin Gong...

Lin Zhong a passé sa vie à servir loyalement la Zheng Dao dans l'unité d'élite de la Tortue Noire, la Xuan Wu. Sentant que sa fin est proche, il laisse un petit « XYZ » sur le tableau des messages de la gare de Shinjuku. Celui qui a été privé d'une vie ordinaire à cause de son implication dans la mafia veut à présent rattraper le temps perdu... et retrouver la famille qu'il a dû abandonner en chemin.