Tsukimi Kurashita, fan hardcore de méduses, s'installe à Tokyo avec le projet de devenir illustratrice. Elle emménage dans la résidence Amamizu qui a la particularité de n'être habitée que par des filles otaku, et bien évidemment, d'être interdite aux hommes ! Alors qu'un soir, Tsukimi sort pour rendre visite à une adorable médusette enfermée dans un minuscule aquarium, son destin va être bouleversé par sa rencontre avec une fille bien trop « fashionable » pour être vraie !

Tsukimi, l'otaku des méduses, serait-elle tombée amoureuse de Shû ? C'est ce que soupçonne le jeune travesti Kuronosuke, grand frère de ce dernier. Et cela ne semble d'ailleurs pas beaucoup lui plaire. Mais pas le temps de se préoccuper des sentiments nouveaux qui assaillent les uns et les autres... un grand danger guette la résidence Amamizu, menacé par un nouveau projet d'urbanisation !

Afin de protéger leur gîte menacé de destruction, Kuranosuke le travesti a décidé de le racheter pour éviter que la communauté des geekettes ne se retrouve à la rue ! Elles se mettent alors à vendre de petits objets qu’elles ont confectionnés dans le but de récolter des fonds. Mais lors de cette journée cruciale, une nouvelle adversaire surgit et perturbe le cœur de jeune fille de Tsukimi...

La grande entreprise de confection de robes de méduse commence enfin, et Tsukimi se révèle particulièrement douée. Cependant, un imprévu vient la perturber et tout remettre en question. Quant à Kuranosuke, son secret a été percé: il est en réalité un garçon. Sous peine de se voir exclure, il invente alors toute une histoire abracadabrante. Les filles de la pension goberont-elles son mensonge ?

Kuranosuke entraîne toutes les filles de la pension à une pièce de théâtre, intitulée Les Vingt- cinq Ophélie. Les costumes des comédiennes étant pour le moins quelconques, Kuranosuke propose de les relooker à son goût. Reste à relever le défi de confectionner vingt-cinq robes de méduses... en une nuit ! Et leur marque de vêtements pourrait bien enfin voir le jour!

La promotrice immobilière se rend directement en Corée du Sud pour acheter la Résidence Amamizu, demeure des geekettes. Leur expulsion approchant à grands pas, Kuranosuke décide d’organiser le premier défilé de mode de la marque Jellyfish. Ils ont donc deux jours pour créer une quinzaine de robes-méduses. Heureusement, une nouvelle otaku arrive dans l’équipe pour leur prêter main forte.

L'heure du grand défilé de mode Jellyfish est enfin arrivée. Voici l'occasion rêvée pour promouvoir les fameuses robes de méduses confectionnées par Kuranosuke et les Amars dans le but de sauver la résidence Amamizu. L'événement se déroule sans encombre, en partie grâce aux talents d'orateur de Monsieur Hanamori le chauffeur. Cependant, ce coup médiatique semble ne pas plaire à tout le monde.

Comment les Amars vont-elles pouvoir monter une ligne de prêt-à-porter pour sauver la résidence Amamizu alors qu'elles n'ont plus un sou de côté ? Vont-elles réussir à mettre leur ego de côté pour monter leur marque de vêtements ? Complètement harassées par leur travail de couturières et déçues de ne pas être considérées à leur juste valeur, elles finissent par se rebeller, et même s'enfuir...

Deux rendez-vous amoureux ont lieu en même temps et dans le même restaurant ! D'un côté, Mr. Hanamori, le chauffeur, et Nisha, la belle Indienne ; de l'autre Shû et Tsukimi. Cette dernière est particulièrement chamboulée quand Shû lui avoue ses sentiments... Perturbée, elle n'ose croire à sa sincérité et pense plutôt qu'il s'agit là d'un complot fomenté par une organisation maléfique secrète !

Les Amars ont retrouvé leur motivation pour travailler sur la marque Jellyfish. Retour à la normale ? Rien n'est moins sûr ! Une lettre de demande en mariage destinée à Tsukimi est interceptée. Quant à celle-ci, elle éprouve des sentiments qu'elle ne connaissait pas auparavant. Les esprits s'agitent et ne sont pas prêts de s'apaiser à l'annonce imminente de la mise en vente définitive de la Résidence !

De retour au Japon, la mère de Chieko veut vendre à tout prix la résidence Amamizu. Afin de la sauver, une mise en vente de la marque Jellyfish est organisée dans le cadre d'un salon de la mode. Cette entrée dans ce milieu permet aux Amars de rencontrer une personne qui marquera leur vie à jamais. Pendant ce temps, Shû, le puceau trentenaire, part en Italie acheter la bague de fiançailles de Tsukimi...

Au salon des créateurs, la marque Jellyfish n'a pas rencontré le succès escompté. C'est une déception pour toutes les Amars, qui attendaient beaucoup de cet événement. Un espoir réside en la personne de M. Fish, un homme d'affaires influant dans le milieu de la mode, qui convie la styliste Tsukimi à le rejoindre, ce qui déplaît fortement à Kuranosuke sans qu'il ne sache vraiment pourquoi.

Tsukimi est prise, bien malgré elle, dans une folle spirale ! En tant que designer de la marque Jellyfish, elle devient la «propriété» de l’entreprise Macareu Resort. Avant de partir pour Singapour, la voilà donc séquestrée au sein d’un grand hôtel de luxe tokyoïte. Mais Kuranosuke, ayant bien du mal à se résoudre à l’idée de la laisser partir, décide de tout faire pour l’espionner...  La résidence amamizu est-elle enfin sauvée ?! personne n’arrive encore à le croire, pourtant, le sacrifice de tsukimi pourrait bien être synonyme de repos pour les autres amars...

Tsukimi ne sait plus où donner de la tête. Tiraillée entre sa nouvelle équipe et les Amars, difficile pour elle de créer de nouvelles robes et d’imposer son talent...  Tsukimi continue son chemin dans le milieu de la mode aux côtés du célèbre homme d’affaires M. Kai. De son côté, Kuranosuke fait tout pour que la jeune styliste réintègre la bande des Amars, ce qui s’annonce plus compliqué que prévu. Il a, en effet, beaucoup moins d’arguments que M. Kai. À moins qu’il ne réussisse à frapper là où il faut...

Kuranosuke est prêt à tout pour récupérer Tsukimi! Personne ne lui prendra sa meilleure créatrice... Parole de méduse !Kuranosuke est arrivé à Singapour et il compte bien repartir avec Tsukimi ! Mais encore faut-il passer le dernier rempart: la secrétaire de Fish! Kuranosuke va alors déployer toute son intelligence pour la convaincre de le laisser passer. Et si le moment était venu de jouer avec ses sentiments? De leur côté, les amars veulent relancer la marque et décident d’aller dans un grand magasin...

La fête de retour de Tsukimi a lieu autour d’un sukiyaki au porc  ! Mais face à la déclaration inattendue de Kuranosuke, "je ne demanderai plus d’argent à mon père”, les Amars comptent maintenant sur Bouddha (souvenir de voyage de M. Hanamori)  ?! Quoi qu’il en soit, Jellyfish redémarre enfin  !  Mais avant ça, ma Tsukiminette, tu dois donner ta réponse à la demande en mariage du vieux puceau  !Est inclus l’épisode 0 de Princess Jellyfish, “l'aube du travestissement”  !

Ce sont “des robes pour les amars, faites par les amars”  ! Mais… Même si elles réussissent, comment vont-elles les présenter  ?! Les catastrophes s’accumulent. Voici la fin de l’incroyable et merveilleux manga pour otakettes  !