Alors qu’elle feuillette un livre mystérieux, Sakura laisse accidentellement s’échapper aux quatre vents des dizaines de cartes magiques ! La jeune élève de CM1 décide de les récupérer au plus vite. Mais les esprits farceurs des cartes sont peu enclins à se laisser capturer ! Accompagnée de Kélo, un petit animal étrange et de son amie Tomoyo, la jeune fille devra apprendre à maîtriser au mieux ses pouvoirs magiques pour devenir une vraie héroïne !

Sakura a maintenant deux nouvelles cartes en sa possession et utilise leur magie pour en récupérer encore d'autres.  Mais elle ignore toujours pourquoi ces phénomènes étranges se produisent de nouveau à Tomoeda, et elle se demande ce que sont devenues ses anciennes cartes. De son côté, Shaolan semble cacher quelque chose… S'il est inquiet pour Sakura, il semble en savoir plus qu'il ne veut bien l'avouer. De plus, il est régulièrement en contact avec Eriol, alors que ce dernier refuse obstinément de répondre aux messages de Sakura…

Akiho, la petite nouvelle du collège Tomoeda, est très vite devenue l'amie de Sakura et de toute la bande. Sakura en est ravie et ne cesse de relever leurs points communs. Tout irait pour le mieux s'il n'y avait pas ces rêves inquiétants, où elle voit une mystérieuse silhouette qui semble vouloir sa clef. Qu'est-ce que cela peut bien vouloir dire ? Pour le moment, Sakura se contente de capturer les unes après les autres les nouvelles cartes qui se présentent à elle. Un dimanche, Akiho l'invite chez elle pour visiter sa bibliothèque. À sa grande surprise, Sakura découvre qu'elle habite dans l'ancienne maison d'Eriol.

Les cartes se succèdent et Sakura vient d'obtenir celles du sommeil et du labyrinthe. Malgré tout, les mystères sont encore nombreux et Sakura ne parvient pas à identifier cette force étrange qu'elle ressent en présence des nouvelles cartes. Alors qu'elle rentre chez elle accompagnée par Shaolan, ils croisent Yuna D. Kaito, un garçon très poli qui vit avec Akiho, la nouvelle amie de Sakura. Shaolan sent immédiatement de la magie émaner de Kaito et prévient Eriol, qui le met en garde : en effet, le "D" dans le nom du jeune homme pourrait indiquer qu'il fait partie d'une confrérie de magiciens à la réputation trouble...

Ce dimanche, Sakura est bien décidée à pique-niquer avec Shaolan, cette fois-ci pour de bon ! Mais alors qu'elle s'attèle joyeusement à la préparation des petits plats, son arrière-grand-père lui propose de venir chez lui car il a un cadeau à lui remettre ! Heureusement, Shaolan est invité aussi. Là-bas, la maman de Sakura apparaît de nouveau devant elle… Les mystères s'enchaînent les uns après les autres !

À force de faire des rêves de plus en plus mystérieux, Sakura commence à être troublée. Un jour, elle reçoit son amie Akiho pour s’entraîner avec elle à confectionner des petits plats. Car, tout comme Sakura, Akiho aime par-dessus tout prendre soin de ceux qu’elle aime. Mais alors qu’elles visitent la bibliothèque de Fujitaka, là où tout a commencé, elles se retrouvent confrontées à un puissant magicien ! Les aiguilles du destin se sont mises à tourner, l’histoire progresse désormais vers l’ultime vérité !

Sakura et ses amis ont troqué leur uniforme hivernal contre celui d’été, plus léger. Un jour, en plein cours, une paire de ciseaux géante découpe le rideau de la salle de classe ! Sakura commence à comprendre que l’apparition des cartes aurait un rapport avec sa propre volonté et se demande quel secret se cache derrière ces Clear Cards. Shaolan lui révèle alors la vérité… De son côté, Yukito accueille une invitée en provenance d’Angleterre !

Sakura a enfin découvert le secret derrière les Clear Cards. Kaito se rend alors au collège pour pousser Sakura à créer une nouvelle carte. Pendant le cours de natation, il utilise Akiho pour l’attaquer ! Serait-elle sous l’emprise d’un autre sort ? Quant à Nadeshiko, la mère de Sakura, voilà qu’elle confie  à Fujitaka un pan encore inconnu de son passé !

C’est la journée portes ouvertes au collège ! Sakura reçoit la visite de son père, Fujitaka, et Akiho, quant à elle, a invité Kaito. Les deux fillettes se réjouissent de leur venue. Mais le véritable objectif de Kaito est tout autre… Pourquoi Sakura crée-t-elle les Clear Cards ? Dans quel but Kaito s’est-il rendu au collège Tomoeda ?!

Pendant l’entraînement de son club de majorettes, Sakura aperçoit une étrange silhouette encapuchonnée dans la cour du collège ! Elle lui fait face à l’aide de ses cartes, mais l’individu disparaît dès que Shaolan arrive... Puis, celui-ci invite Sakura à lui raconter le contenu de son mystérieux rêve...

Pendant leur cours de dessin, Akiho fait apparaître les pages d’un livre géant, qui se transforme en fleur et enveloppe Sakura… C’est alors que Momo se présente devant elle, révélant sa véritable apparence. Puis, elle utilise le livre d’Akiho, “Alice au pays de l’horloge”, pour envoyer Sakura dans un monde mystérieux…

En fouillant dans leur mémoire, Sakura et Shaolan se rendent compte que Kaito manipule la magie temporelle. Sakura décide de suivre son coeur et de faire confiance à Akiho, malgré la proximité que celle-ci entretient avec Kaito. C’est pourquoi elle accepte de donner la réplique à Akiho pendant la pièce de théâtre qui sera jouée lors de l’échange culturel du collège Tomoeda. Mais qui sont vraiment les « deux Alice » que vont jouer Sakura et Akiho ?!

Chaque fois que Sakura sort d’un rêve, elle gagne une nouvelle carte. Or, plus ses pouvoirs magiques augmentent, plus le mystère qui les entoure, Akiho et elle, s’épaissit. Au milieu de toute cette obscurité, un pan du passé de Kaito s’éclaire et on en apprend plus sur son amitié avec la mère d’Akiho. Une histoire qui prend sa source dans un lointain passé est sur le point de s’écrire alors que le rideau se lève sur la pièce de théâtre fatidique !

En pleine représentation de la pièce « Alice au pays de l’horloge », Sakura disparaît de la scène et se retrouve plongée dans un monde mystérieux. Chaque personne qu’elle rencontre, chaque parole qu’elle entend la rapprochent de la vérité. Akiho est la Reine Rouge, Shaolan est le chat qui la guide… Tous les rôles sont distribués, l’histoire va pouvoir entamer son acte final !

Le monde a été réécrit par la magie interdite. Sakura et Akiho coulent des jours paisibles. Il ne manque qu’une seule personne : Kaito… C’est alors qu’apparaît oniriquement Lillie, qui révèle la vérité à Sakura et lui parle du vrai monde. La jeune fille va-telle pouvoir filer les souvenirs éparpillés et récupérer ce monde perdu, mais pourtant si important ?!

Sakura et Shaolan sont parvenus jusqu’à la fausse Lune. À l’intérieur, le temps a été détruit et la montre à gousset leur indique le chemin vers un dragon prisonnier. Sakura prononce sa formule magique invincible et, accompagnée de tous ses amis, elle mobilise ses dernières forces pour parvenir à trouver la meilleure conclusion possible !