Aya et Aki Mikage sont jumeaux. La veille de leur seizième anniversaire, alors qu'elle manque de se faire renverser par une voiture, Aya est sauvée par un mystérieux garçon nommé Toya. Puis, après que ses proches lui ont fait subir un étrange test, ils tentent de la tuer sous prétexte qu'elle posséderait les pouvoirs d'une nymphe céleste. Alors qu'elle est sauvée in extremis par le frère d'une autre descendante de la nymphe, les choses continuent de dégénérer lorsqu'elle découvre que Toya est un assassin à la solde de la famille Mikage...

Après une tentative de meurtre perpétrée par sa propre mère, Aya prend la forme de la nymphe céleste, et laisse libre cours à ses pouvoirs. Déchaînée, elle agresse quiconque a à faire avec les Mikagé, puis se calme grâce à un baiser de Yuhi. Qui est donc vraiment cette nymphe, qu'est ce que la robe de plume qu'elle recherche, et surtout jusqu'à quel point peut elle prendre le pas sur Aya ? C'est en tentant de répondre à ces questions que la jeune fille avance vers son ennemi, qui semble en savoir plus long qu'elle sur le sujet.

Une série de violents incendie de multiplie dans l'établissement scolaire d'Aya, alors que Toya avoue n'en avoir que pour Cérès, quitte à se faire passer pour le médecin du lycée afin de surveiller la jeune fille. Et qui est celle lycéenne renfermée, timide mais en même temps étrange, qui semble rappeler à Aya son propre amour à sens unique ? Les deux jeunes filles deviennent amies, et on apprend que leurs sentiments ne sont pas leur unique point commun ...

Après le retour de Suzumi, Aya se retrouve dans un hôpital, face à Chidori, une grande soeur décidée à faire plaisir à son frère. Elle veut le voir voler à tout prix, et elle emmène la jeune fille dans son histoire. Seulement voilà, Toya se trouve dans cet établissement, et là où Toya se trouve, les ennuis ne sont jamais loin. Pendant ce temps, Aki se transforme indubitablement ...

C'est la révolution au sein des Mikagé. Toya se rebelle par amour pour Aya, pendant qu'Aki lutte contre sa personnalité changeante. Celui-ci ne parvient toutefois pas à s'enfuir avec Toya, restant chez les ennemis de la nymphe, et accomplissant sa destinée. Et, alors que Toya rejoint sa bien aimée, le bienveillant Aki disparaît, au profit d'un double peu engageant. Le bonheur d'Aya de revoir Toya durera t'il bien longtemps dans de pareilles conditions ?

Okinawa. Voilà la nouvelle destination d'Aya, Chidori, Yuhi et Oba-Q. En effet, la rumeur court qu'une robe de plume légendaire s'y trouve, détenue par la famille de Shuro, une idole de la musique. Il va falloir beaucoup de persuasion à Aya pour espérer mettre la main sur ce précieux présent, et rapidement puisque Kagami est de plus en plus actif. Comment mettre un terme à cette histoire ? C'est ce qu'Aya croit approcher de plus en plus ...

Après Okinawa, Tokyo ! Toujours sur les traces de la robe de plume, Aya rencontre un autre génome C, qu'elle se fera le devoir d'aider. Les agressions d'un certain chien blanc ne sont pas sans rapport avec une jeune fille effacée et serviable, et Aya ne tarde pas à comprendre les ténèbres du coeur de cette adolescente un peu perdue. En parallèle, Toya semble retrouver certains de ses souvenirs ...

La crainte d'Aya se réalise : les souvenirs de Toya refont surface, l'éloignant irrémédiablement d'elle. Celui-ci ne la reconnaît même plus, et c'est un autre nom qui lui évoque de l'affection. Transie de douleur, Aya se réfugie dans l'amertume et la souffrance qu'elle ne communique pas, allant jusqu'à refuser d'affronter la réalité. Et pendant ce temps, Kagami récupère Toya et le fait de nouveau prendre part à son projet.

Toya découvre qu'il n'est qu'un pantin à la solde des Mikagé, et il décide alors de repartir du début, de se reconstruire pour pouvoir aimer Aya sereinement. Celle ci arrive enfin à se reconstruire et à aller de l'avant, vers un chemin qui croisera celui du fondateur, sous les traits tant aimés d'Aki. Ce dernier, pour reprendre ce qui lui revient de droit, piégera Aya en la menaçant de briser ce qu'elle a de plus cher. Cruel dilemne pour notre héroïne, qui devra retrouver courage et volonté pour faire face à son "frère".

Dans sa recherche de la robe de plume, Aya va devoir de nouveau se confronter à son ancien frère, Aki, que le fondateur dirige. Celui-ci, pour obtenir d'elle une obéissance sans faille, l'oblige à quitter ses amis et à le rejoindre, à force de menaces. Perdue, la jeune fille finira par se faire définitivement embarquer par Aki, qui tentera de reprendre possession de sa femme. C'est sans compter Toya et son amour pour Aya ...

Après un tome particulièrement riche en émotions, en doutes et en larmes, voilà que nos deux amoureux se retrouvent enfin. Libres de partager leur amour, ils quitteront un foyer accueillant et protecteur afin de partir en quête de souvenirs, mais surtout de bonheur. C'est dans ce contexte de quiétude que ressurgiront d'ailleurs le passé d'Aya et de Toya, sans prévenir, alors que de son coté Kagami prépare quelque chose qui risque de contrarier les plans paisibles des protagonistes d'Ayashi no Ceres.

C'est le tome des révélations, puisque Toya apprend enfin qui il est et d'où il vient. Tout s'active, tant au niveau des sentiments que chez les opposants. Kagami se mobilise de plus en plus, et on découvre une facette de lui insoupçonnée. Pendant ce temps, dans cette atmosphère de violence et d'affrontements, Aya apprend une bien bonne nouvelle ...

Après la mort de son amoureux, Aya est désemparée. Sa solitude est renforcée par son enfermement dans le centre de recherches de Kagami, qui l'utilise pour des tests et en savoir plus sur ce qui l'intrigue tant. Mais évidemment, Aki arrive à s'enfuir et à retrouver sa femme, qu'il n'est pas prêt à laisser filer. Commence alors un voyage dans le temps permettant de découvrir qui se cache derrière le faciès dément du fondateur de la famille Mikagé.

Aya continue la lutte, malgré l'absence de Toya qui au final n'était qu'une grande frayeur. De nouveau ensembles, les amoureux se dressent contre les obstacles qui leur barrent la route : Mikagi et ses ambitions démesurées d'homme jaloux que le mal a rongé. Mais c'est bel et bien la fin du combat, et progressivement la joie et l'avenir prendront le pas sur les drames passés.