Capturé par les Soviétiques dans le golfe de Finlande, le commandant Prien se retrouve sur l'île de Moshchny. Son équipage monte alors une opération de sauvetage pour le libérer, semant le chaos dans ce poste avancé de l'Armée rouge. Les Allemands profitent alors de ce combat pour s'emparer des plans d'une opération russe imminente, qu'ils doivent alors faire décrypter et traduire en urgence par un agent en Estonie. Mais les SS sur place ont d'autres priorités qui révèlent les facettes les plus sombres de la machine de guerre allemande.

Un bureau secret de la SS est à la recherche du commandant Prien suite à son témoignage sur le massacre des juifs en Estonie. Ces soldats de l'ombre travaillent étroitement avec une poignée de hautes autorités britanniques en échange du pouvoir politique dans une éventuelle Allemagne vaincue d'après-guerre. Ils possèdent une arme redoutable sous la forme d'un sous-marin électrique et futuriste (le PU-262), conçu par des ingénieurs allemands, mais développé en parallèle et à grande vitesse par la SS. Prien et son équipage feront le parfait complément pour leur première mission : acheminer de l'eau lourde de la Norvège à l'Angleterre. Mais il faut convaincre le commandant Prien, et celui-ci ne croit plus à la guerre après ce qu'il a vécu sur le front Est. La SS exploite cette faille et arrive à piéger l'U-47 en Haute mer après une bataille acharnée.

Envoyé dans une mission perdue d'avance, l'U-47 se retrouve pris au piège entre deux feux. Le commandant Walters, à la tête de destroyers britanniques, mène une vendetta personnelle contre le taureau de Scapa Flow, tandis que le PU-262, sous-marin SS, le pourchasse. Le commandant Prien n'a d'autre choix que de pousser ses adversaires à s'entretuer lors d'un jeu du chat et de la souris dans lequel il pourrait n'y avoir aucun survivant. La bataille fait rage autour de l'U-47, susceptible de déterminer son avenir durant la guerre, si toutefois il parvient à éliminer la base secrète SS à la tête de cette opération.

Envoyé dans une mission perdue d'avance, l'U-47 se retrouve pris au piège entre deux feux. Le commandant Walters, à la tête de destroyers britanniques, mène une vendetta personnelle contre le taureau de Scapa Flow, tandis que le PU-262, sous-marin SS, le pourchasse. Le commandant Prien n'a d'autre choix que de pousser ses adversaires à s'entretuer lors d'un jeu du chat et de la souris dans lequel il pourrait n'y avoir aucun survivant. La bataille fait rage autour de l'U-47, susceptible de déterminer son avenir durant la guerre, si toutefois il parvient à éliminer la base secrète SS à la tête de cette opération.