Brigantin, le vieux navire de la mère de Trésor, reste à quai. Tout comme son père d'ailleurs, échoué dans ses souvenirs et ses regrets depuis que sa femme, réputée grande baroudeuse, a disparu. Tout cela n'empêche pas le petit garçon de 9 ans de jouer aux pirates avec ses potes Dico, Yav, et Noisette sur le vénérable bateau. Jusqu'au jour où Gaspard Pivoleux, un collectionneur bien louche, oblige le père de Trésor à lui vendre Brigantin... Révolté, et très attaché au seul souvenir qui lui reste de sa maman, Trésor décide d'embarquer avec son équipage et de mettre les voiles vers une incroyable chasse au trésor... Mais Pivoleux, qui semble avoir un plan secret concernant Brigantin, ne l'entend peut-être pas de cette oreille... L'aventure, le danger et même la magie vont dès lors rythmer la vie de cet équipage improbable, courageux et... inexpérimenté !

Sains et saufs après le naufrage de Brigantine, le bateau de sa mère disparue qu'il a volé, le jeune Trésor et ses amis se reposent tant bien que mal sur une île pleine de dangers... Mais le moral retombe lorsque « Trez » avoue qu'il a lui-même dessiné la carte au trésor pour laquelle toutes et tous se sont embarqués... et même l'île où ils se trouvent ! Une situation étrange, à laquelle il faut trouver une solution. D'autant que le maléfique antiquaire Pivoleux les traque toujours, à la recherche de la mystérieuse « Pierre de vœu »...