1947, quatorze ans après la victoire de Kong, Manhattan a été évacuée et l’île est désormais une zone interdite, surveillée par la Kong Crew, une escadrille de pilotes parmi lesquels nous rencontrons le jeune et impétueux Virgil ! Alors qu’un scientifique et un journaliste entrent dans Manhattan, illégalement, la Kong Crew est dépêchée sur place pour tenter de retrouver les deux intrus…

Après avoir laissé Virgil aux mains de mystérieuses et dangereuses amazones, un retour dans le temps permettra d'apporter quelques réponses aux nombreuses questions posées dans le tome 1 : d'où vient cette mystérieuse faune qui semble s'être installée en plein cœur de Manhattan ? Où sont donc Jonas et Irvin ? À quand une prochaine rencontre avec le fameux Kong ? Betty aura-t-elle enfin des nouvelles de Virgil ? Et surtout... qu'est-il donc arrivé à notre teckel préféré ?

Il semblerait que les efforts de Betty pour lever des fonds et sauver Spit le teckel vont enfin payer. Pendant ce temps, Virgil est toujours inconscient et prisonnier des Amazones alors que Jonas et Irvin tentent de percer le secret des mutations des dinosaures sur les toits de Manhattan Jungle...