Katsuo, un adolescent résolument moderne, se retrouve en possession d'un sabre magique qui le transporte en plein Japon médiéval. Il y rencontre son maladroit aïeul, Honjo et se retrouve embarqué à ses côtés et ceux de Naomi, une jeune et intrépide guerrière, dans une quête pour retrouver Zatoïchi, un célèbre samouraï. Celui-ci est le seul à pouvoir empêcher le retour du Samouraï noir, un terrible seigneur de guerre détenteur d'une armure magique. Entre sauver le Japon d'antan ou retourner dans son époque, Katsuo va devoir faire un choix. A moins que les deux ne soient inextricablement liés...

Yoko a traversé le portail temporel et débarque en plein Tokyo contemporain. Alors qu’elle rallie les clans de Yakuza à la recherche d’un mystérieux temple, Honjo et Naomi cherche un moyen de prévenir Katsuo. Ils rencontrent alors Daisuke, un étrange et loufoque personnage qui semble en savoir beaucoup plus qu’il n’y parait sur les voyages dans le temps. Grâce à lui Honjo et Naomi débarque en plein XXIe siècle…